Объясните пожалуйста разницу в расставлении круглых скобок в конструкции IF.

В языках программирования зачастую есть приоритеты операций. Например логическое И сработает раньше чем логическое ИЛИ (это для с++). И вот когда программист не уверен что сработает раньше и лень читать в интернете он ставит дополнительные скобочки что бы однозначно обозначить приоритет операции (скобочка имеет один из высоких но не наивысший для с++ приоритет). В данном случае, я так понимаю, программист хотел убедится что отрицание "!" будет выполняться раньше чем логическое И

В вашем примере круглые ни на что не влияют и лично я не вижу смысла использовать варианты кроме первого.

Круглые скобки внутри if нужны, когда условий больше двух + используется оператор ИЛИ.
Например:
<?php
$a = 1;
$b = 2;
$c = 3;
if ($a == 1 || $b == 5 && $c == 6) echo 'true';
?>

Покажет true т. к PHP достаточно, что переменная $a == 1, но если добавить круглые скобки:
if (($a == 1 || $b == 5) && $c == 6) echo 'true';
условие не выполнится т. к переменная $c не равна 6

Запомни, лучше поставить лишние скобки, чем допустить разночтение. Как компилятором, так и человеком!

https://www.php.net/manual/en/language.operators.precedence.php
можно было бы и обойтись, кмк

Потому что скобки это необязательный оператор. Единственное что они делают изменяют приоритет. а для того чтобы сравнение работало с операндом И т к у него тоже высокий приоритет его операнды принято брать в скобки иначе оно не правильно считается - например если написать это выражение без скобок ( (2+ 3)>(2 &$toggle) ) то оно посчитается так как расставлены скобки а нужно так ( (2+ 3>2) &($toggle) ). Но только в одном случае скобки действительно необходимо в других можно использовать приоритеты но задумываться над этим никто не хочет и осень часто народ не думает какие там операнды и все равно пишет их со скобками так получаются лишние скобки они впринципе для программы безвредные немного запутывают правда