больничный лист

запросто может. тем более, что не предприятие платит, а ФСС и существуют установленные законом правила назначения пособия. расчет производится по каждому страховому случаю совершенно самостоятельно и ни какого отношения к предыдущим выплатам не имеет.
в вашем случае, при расчете по старым правилам, пособие вам будет назначено по среденму заработку за тот, единственный, , месяц, который вы проработали перед отпуском по БиР. и если з/плата в этом месяце меньше, чем та, что вы до первого декрета получали, то пособие, естественно, меньше будет.
если вы не писали заявление на назначение пособия по старым правилам и не писали заявление, чтобы при расчете по новым правилам вам заменили расчетные 2009 и 2010 г. (которые, как я понимаю, вы не работали) , на более ранние, например 2007 и 2008, то пособие могут и по МРОТ назначить.

может, если вы выбрали новый принцип расчёта - за 24 месяца (женщины, уходящие в декрет до 2013 года могут сами выбирать).

если зарплата за этот месяц была меньше средней по предыдущему периоду

может. но проверить расчет не мешает.

Больничный лист оплачивается исходя из дохода либо за год, либо за последние два года, на ваш выбор. Раз вы были в отпуске по уходу за ребенком, то доход у вас был не большой, вот и получили меньше.