Как аннулировать изменения в ЕГРП?

Закон никак не связывает сам факт возникновения (прекращения) права и соответствующих регистрационных действий с оценкой недвижимости (или - ее отсутствием).
Что касается самой процедуры вступления в наследство, то, скорее всего, нотариус откажет в выдаче свидетельства на наследуемую долю, и придется признавать право собственности на нее через суд. Но письменный отказ нотариуса будет необходимо получить.

так же через суд

Только через суд!

через суд - намного дешевле

К нотариусу лучше сходите с документами. Здесь врядли дельный совет получите. Надо смотреть все документы

Не пойму в чем ваш вопрос. Сейчас вы оформляете то, что недооформили 3 года назад, затем займетесь вопросом вступления в наследство. Все логично.

Уменьшить долю собственника в совместной собственности можно.
Порядок выдела доли в судебном порядке:
При недостижении участниками долевой собственности соглашения о способе и условиях выдела доли одного из них участник долевой собственности вправе в судебном порядке требовать выдела в натуре своей доли из общего имущества.

Статья 234 ГК РФ Приобретательная давность

1. Лицо - гражданин или юридическое лицо, - не являющееся собственником имущества, но добросовестно, открыто и непрерывно владеющее как своим собственным недвижимым имуществом в течение пятнадцати лет либо иным имуществом в течение пяти лет, приобретает право собственности на это имущество (приобретательная давность).
Право собственности на недвижимое и иное имущество, подлежащее государственной регистрации, возникает у лица, приобретшего это имущество в силу приобретательной давности, с момента такой регистрации.
2. До приобретения на имущество права собственности в силу приобретательной давности лицо, владеющее имуществом как своим собственным, имеет право на защиту своего владения против третьих лиц, не являющихся собственниками имущества, а также не имеющих прав на владение им в силу иного предусмотренного законом или договором основания.
3. Лицо, ссылающееся на давность владения, может присоединить ко времени своего владения все время, в течение которого этим имуществом владел тот, чьим правопреемником это лицо является.
4. Течение срока приобретательной давности в отношении вещей, находящихся у лица, из владения которого они могли быть истребованы в соответствии со статьями 301 и 305 настоящего Кодекса, начинается не ранее истечения срока исковой давности по соответствующим требованиям.

Статья 252 ГК РФ Раздел имущества, находящегося в долевой собственности, и выдел из него доли

1. Имущество, находящееся в долевой собственности, может быть разделено между ее участниками по соглашению между ними.
2. Участник долевой собственности вправе требовать выдела своей доли из общего имущества.
3. При недостижении участниками долевой собственности соглашения о способе и условиях раздела общего имущества или выдела доли одного из них участник долевой собственности вправе в судебном порядке требовать выдела в натуре своей доли из общего имущества.
Если выдел доли в натуре не допускается законом или невозможен без несоразмерного ущерба имуществу, находящемуся в общей собственности, выделяющийся собственник имеет право на выплату ему стоимости его доли другими участниками долевой собственности.
4. Несоразмерность имущества, выделяемого в натуре участнику долевой собственности на основании настоящей статьи, его доле в праве собственности устраняется выплатой соответствующей денежной суммы или иной компенсацией.
Выплата участнику долевой собственности остальными собственниками компенсации вместо выдела его доли в натуре допускается с его согласия. В случаях, когда доля собственника незначительна, не может быть реально выделена и он не имеет существенного интереса в использовании общего имущества, суд может и при отсутствии согласия этого собственника обязать остальных участников долевой собственности выплатить ему компенсацию.
5. С получением компенсации в соответствии с настоящей статьей собственник утрачивает право на долю в общем имуществе.
Как вариант или признать право собственности в силу приобретательной давности или обратиться с иском о выделе доли в натуре с последующей выплатой компенсации собственнику 1/200.

Странно:
Цитата: по иску соцзащиты...
Тогда сразу созревает вопрос: Имеет ли соцзащита права собственности на долю в 2/3 вашего дома и есть ли соответствующий документ у соцзащиты о купле-продаже 2/3 вашего дома?
Если прав собственности на 2/3 вашего дома и доказательств о владении (15 лет) у соцзащиты нет то решение суда не законно и нарушает Ваши права. .

Мне удалось отметить недавно что на данный момент времени множество решений существует в интернете по различным вопросам. Главное определиться что для вас важно и в принципе пользоваться интернет ресурсами можно для решения проблемы достаточно просто. Мы решили по совету знакомых обратились на https://kadastrmap.ru/kadastr/poluchit-vypisku-iz-egrp-onlajn/ за выпиской из егрп онлайн .

С таким сложным вопросом надо подходить к юристу на консультацию со всеми документами, чтобы предметно разобрать ситуацию. Юрист будет высчитывать, проверять решение суда, учитывая, кто когда умер. Желательно, найти юриста от суда. Искать рядом с судом хорошего юриста.