Что бы вы выбрали? Комфортную двушку в новом доме, но в ближнем Подмосковье (6 км от мкад) или хрущевку в Москве?

Ну, если место работы непосредственно ближе, где хрущевка, то лучше так.
Если это не имеет значения, то естественно лучше комфорт.

я уже давно переехал за МКАД, но только в дом

Ту, которая ближе к работе. Если разница существенная....

Вы не на то смотрите. смотрите на детский сад, поликлинику, транспортную доступность.
Оцените разницу в уровне обеспеченности всем этим между Москвой и Московской областью - она существенная.
Хрущёвки в Москве многие идут под снос в рамках реновации - решайте, желаете ли вы через некоторое время сменить адрес.
И в первую очередь осознайте для себя цифру - бюджет какой?

Сейчас постоянные пробки в Столице, даже если есть автомобиль, то будут постоянные проблемы добираться с работы до дома

Хрущевку (которве уже все посносили) в Москве

если говорить с точки зрения инфраструктуры, то она стала почти одинаковая. Но Жить удобнее - если Москве это проходной двор, то за Мкад не так много народу и постепенно всех узнаешь.

Я уже сделал выбор, поступил следующим образом. Продал свою тесную квартиру и купил себе дом в Подмосковье. Сейчас живу в просторном доме. Расстояние не мешает, так как есть машина и до места работы добираюсь за 25 минут. ( Вот информация о кп, в котором приобрёл дом, если интересно: кп дворянское озеро msk-zem.ru 84955077306 )

Лучше бомжом в Лос-Анджелесе, чем жить в стране, где вся власть во главе с этим бандитом дядей Вовой врёт и обворовывает людей. Если Вы молодая семья, то уезжайте из этой страны, пока её совсем не закрыли. Бегите, ребят. Ничего хорошего в ближайшее время с Россией не будет.