Болезни - это кара за грехи или обыкновенное явление природного характера (борьба микроорганизмов за выживание)?

Хуже. Это стимулятор страданий ради выделения энергии в руках наших "богов".

Кара за грехи.
У человека с сильным иммунитетом при попадании микробов в организм формируется НОСИТЕЛЬСТВО, то есть они живут в нем, не причиняя вреда. Или очень легая форма болезни типа насморка.
А сила иммунитета зависит от эмоционального состояния.
А оно - от следования Пути или отступления от Него.

Болезни это побочный эффект наших желаний

болезни - это лекарства для души. Лекарства от мощнейшего наркотика под названием "жизнь".
Такие вот костыли своеобразные. Или крылья для неразумных, помощь. И одновременно принудительный способ для контроля и баланса.
Некоторым людям только болезни и помогают прийти в себя.

Всё происходящее, каким бы ужасным оно ни казалось кому-то конкретно, является ИДЕАЛЬНЫМ проявлением РАВНОВЕСИЯ МИРА.

«Этот мир терзаем страданиями, проникающими плоть и сознание; услышь, какое есть средство исцелить их, оба вместе и каждое в отдельности. Страдание плоти порождается четырьмя причинами: болезнью, прикосновением к вредному, утомлением, отлучением от желанного. Для врачевания болезней и плоти и сознания средства используются двоякие: с одной стороны — срочное применение целебных средств, с другой — правильное размышление. Так вот, если лекарь мудр, то он прежде всего стремится приятными беседами, дарующими больному блаженство, уврачевать (болезнь) сознания. Ведь от болезни сознания все тело воспаляется; так раскаленный шар, брошенный в сосуд, нагревает воду. Но как вода тушит пламя, так истинная мудрость врачует болезнь сознания; когда же сознание исцелено, приходит облегчение и телу.
Корень болезней сознания надлежит усматривать в привязанности. Движимая привязанностью, прилепляется душа (к объектам) и познает страдание. Корень страданий — в привязанности, причина страхов — в привязанности; привязанность несет людям и радостное возбуждение, и скорбь, и изнурение от тяжких трудов. Привязанностью порождаются страсть к (насыщению) органов чувств и страсть к внешним объектам; из этих двух, говорят, первая — пагубнее. Как пламя, проникнув в дупло, сожжет без остатка все дерево с корнем его, так и скверна страсти, пусть даже самая малая, человека, стремившегося к дхарме, влечет к погибели.
/Махабхарата, Араньякапарва, глава 2/

кара за грехи, однозначно. Причины страданий. Причины грехов - клеши - инстинкты вашего подсознания - эгоизм, страх и т. д.

И то и другое.
Вирусы и бактерии являются тварями Божьими, следовательно они выполняют Его волю.

без презерватива неминуемо наступит кара за грехи

Не совсем. Бывает анорексия от зайобов в голове. Причом такие анориксички могут сожрать нахаляву 1.7 кг лосося. И потом все вырыгать.

кар (м) а за грехи - это попадание в это болезненное и смертное тело, борющееся за выживание