Откуда возникает нетерпимость на религиозной почве?

От необразованных и узколобых людей, имеющих гомофобные, расистские и другие предубеждения. Думаете, все мусульмане кидаются камнями и сжигают людей? Нет, так поступают только те кто не принял Ислам душой, кому веру "вбивали" чтоли. Фанатизм, в общем. Вера без любви.

от туда же, откуда и нацизм - от выпячивани собсвенного Я и спочитания именно своего мнения единственно верным

Фанатизм плюс сама идеология религи.

Каждое религиозное течение объявляет свое учение абсолютной истиной но увы течений много а истина одна вот и возникают у них мягко говоря недоразумения...

От невежества.

из самой религиозной почвы. Или вы думали что можно по разным углам орать Иисус бог и Аллах агбар - а потом все рядышком сядут чай пить?

Религиозная дискриминация может принимать различные формы. В некоторых странах принята только одна религия, которая, фактически, становится государственной, и возможность существования других религий исключается. В других странах издаются законы, накладывающие ограничения на деятельность определенных религий. Законы, принятые в некоторых странах, могут произвольно трактоваться.
В книге «Свобода религии и убеждений» приводятся другие примеры нетерпимости: «„Ересь“ и „еретик“ — не только лишь понятия далекого прошлого. [...] Неприятие, преследование и дискриминация тех, кто избирает другой путь, остаются основной причиной нетерпимости.
Генеральный директор Организации Объединенных Наций по вопросам образования, науки и культуры, сказал, что ближайшее будущее «не сулит миру радужных перспектив. ..Ветра свободы вновь разожгли тлеющие уголья ненависти» .

Из самой основы авраамических религий. Их религия, видите ли единственно верная, значит все остальное от лукавого и ведет в ад. А с дьяволом надо бороться. Вот они и борются.

Слабая сила воли совместно с дьяволом..

Оттуда же, откуда любая нетерпимость.

от сатаны или от незнания