Для тех, в чьих головах атеизм ассоциируется только с коммунистами вопрос ->

это ересь, сжечь посмертно

А-тео, так называли мудрецов, отрицающих и не признающих богов планет солнечной системы. Тео - значит "бегающий", так называли планеты солнечной системы, потому что они "бегают" вокруг Сонца.
Атеисты смотрели дальше, глубже, шире, их мысль была устремлена в беспредельность, где бог, созданный людьми по своему образу и подобию растворялся в этой БЕЗДНЕ! А. сейчас это слово применяют к любому, кто никак не относится к богу, верующим и т. п. Не хишь в церковь - атеист! Сказал что-то против окостеневшего сознания верующих - атеист! Сказал, что не Бог создал, а Большой Взрыв - атеист и т. д. так что до АТЕИСТОВ надо верующим ещё дорасти.

Атеизм ассоциируется со всякой мерзостью, не только с коммунистами)

головы, в которых возникают эти ассоциации, пусты, как и ассоциации, возникшие в этих головах.

В смысле "безбожники" - да. Политическая платформа у них другая, а религиозная - очень похожие умствования

Не все атеисты коммунисты.
Теперь многие коммунисты - верующие. Да и в советское время многие коммунисты верили в Бога тайно.

Но всё-таки апофеоз атеизма - советское общество, когда верующие подвергались гонениям за веру в Бога, многие приняли мученическую смерть.

Думаю, атеисты должны сделать из этого надлежащие выводы, а не успокаивать себя тем, что атеисты и большевики - не одно и тоже.