Откуда у людей рождаются муки совести? Какова природа происхождения этих мук?

Этим человек и отличается от животного. Совесть-доказательство того, что человек не произошёл от животных.
Совесть вложена в человека Богом. Совесть-это дар нашего Творца людям.

Действующее, свормированное временем, стереотипное, програмное обеспечения, входит в конфликт с информацией хранящейся на карте-памяти... Несостыковка действующих оценочных стереотипов, и отождествлённых с эго, поступков человека...

Ощущение ошибочности поступка возникает из прямого видения своей ошибки совершенной неосознанно обычно под влиянием какой либо увлеченности эгоистичной мыслью или чувством.

Угрызение совести - это то неприятное эмоциональное состояние, которое возникает всякий раз, когда совершается поступок, несовместимый с нашим представлением о долге. Долг можно определить как совокупность обязанностей человека перед обществом, коллективом, семьей, к которым он принадлежит. Эти обязанности вырабатываются той средой, в которой живет и действует данная личность. Бессовестный человек - это прежде всего человек, утративший способность оценивать свои поступки с точки зрения долга.

Слово Бога — Библия — объясняет, что человек создан по «образу» Бога. В человеке от сотворения заложено чувство того, что правильно и что неправильно.
Апостол Павел подтверждает эту мысль в письме к римлянам: «Когда язычники, не имеющие закона, по природе законное делают, то, не имея закона, они сами себе закон: они показывают, что дело закона у них написано в сердцах, о чем свидетельствует совесть их и мысли их, то обвиняющие, то оправдывающие одна другую» (Римлянам 2:14, 15). Таким образом, многие люди росли не зная закона Бога, данного евреям, они придерживались определенных принципов этого закона, но не потому, что кто-то заставлял их это делать, а «по природе» .
Совесть, бесспорно, может мучить нас. Но если внимать ее голосу, можно обрести чувство глубокого удовлетворения и душевный покой.

Как не странно, но муки совести связаны с детским воспитанием... Ведь детское воспитание родителями есть ни что иное, как приручение к стандартному поведению при стандартных обстоятельствах. Воспитанный ребенок блестит не разумом а умением вести себя так как обучили родители! Не рукописные законы по которым был воспитан человек будучи ребенком и есть мораль. Жизнь вводит свои коррективы в поведении человека, которые могут противоречить законам морали, если бы не старание церкви сглаживающее противоречие общественной жизни и морали. Вот почему у людей не соблюдающие церковные обряды возникают муки совести...

инстинкт

Наверное, это не объяснить научным языком. Потому что совесть Бог вложил изначально в каждого человека и через Библию объяснил это так: "...ибо когда язычники, не имеющие закона, по природе законное делают, то, не имея закона, они сами себе закон: они показывают, что дело закона у них написано в сердцах, о чем свидетельствует совесть их и мысли их, то обвиняющие, то оправдывающие одна другую) "(Римлянам 2:14,15)

Они показывают, что суть закона написана у них в сердцах, между тем как их совесть свидетельствует вместе с ними и в своих мыслях они обвиняют себя или оправдывают. (Римлянам 2:15)