Я правильно понял, что в результате мутаций человек стал верующим, а затем некоторые мутировали в атеистов?

Почему Вы так думаете? Всегда были верующие и атеисты, всегда. Это обусловленно особенностями мышления.

"Вера" и "атеизм", это ИДЕИ (информация), а "мутации", это ХИМИЯ (биология). Они никак не связаны.

Человек стал верующим не в результате мутации, а в результате заражения ментальным вирусом. Сейчас он очищается от него.

Начнем, как говорится, плясать от печки:
УЧЕНЫЕ: ЧЕЛОВЕК РОЖДАЕТСЯ С ВЕРОЙ В БОГА
15:05 Росбалт
ЛОНДОН, 2 сентября. Подлинную сенсацию в мировых научных и интеллектуальных кругах вызвало открытие ученых из британского Бристольского университета. Как сообщает ИТАР-ТАСС, исследователи установили, что современный человек рождается с верой в Бога.
«Мы установили, что ход мышления ребенка включает интуитивную веру в сверхъестественное», — заявил руководитель исследований профессор Брюс Худ.
В течение веков крупнейшие мировые теологи и философы пытались доказать или опровергнуть существование Бога, пишет лондонский еженедельник «Санди таймс». Однако обыкновенная логика оказалась бессильной ответить на данный вопрос, который был объявлен современной наукой иррациональным.
Однако новейшие исследования научного коллектива из Бристоля показали, что без веры в Бога ни Homo Sapience, ни современное общество не могли бы появиться на свет.
По мнению специалистов, на заре человечества те группы людей, которые верили во Всевышнего, в справедливость и упорядоченность миропорядка, создавали более крепкие социальные связи и тем самым повышали степень своей выживаемости. Именно они заложили основы современной цивилизации и дали ей импульс развития.
Соответственно племена и группы людей, лишенные понятия и веры в Бога, распадались и исчезали, не оставив после себя следов.

Религия это один из способов регуляции работы большого коллектива, базирующийся на простейших чувствах - страх перед наказанием, ожидание награды и радость от того, что наградили тебя, а наказали другого. С той лишь разницей, что в маленьком коллективе эту функцию выполняет лично вожак (или его помощники), а в религии - потусторонняя всемогущая сила.
"Мутация" к атеизму означает движение к выполнению человеком своих обязанностей перед коллективом просто из осознания их необходимости и полезности.