Как согласовать первоначальную неизменяемость бога (Малах., 3:6) с воплощением (1 Тим., 3:16) и с догматом о Св. духе?

Никак.

Бог не меняется в том смысле, что никогда не станет злым, никогда не забудет своих обещаний, и никогда не изменит базовых законов и требований к человеку.

А воплотился не Бог, а его сын, поэтому это тут вообще не при чём.
Догмат о троице Библия не поддерживает.

Не изменяется значит не меняет Своего мнения, Своего закона и принципов.
34 ...не изменю истины Моей.
35 Не нарушу завета Моего, и не переменю того, что вышло из уст Моих.
(Пс. 88:34,35)

8 Помни день субботний, чтобы святить его;
9 шесть дней работай и делай [в них] всякие дела твои,
10 а день седьмой — суббота Господу, Богу твоему: не делай в оный никакого дела ни ты, ни сын твой, ни дочь твоя, ни раб твой, ни рабыня твоя, ни [вол твой, ни осел твой, ни всякий] скот твой, ни пришлец, который в жилищах твоих;
11 ибо в шесть дней создал Господь небо и землю, море и все, что в них, а в день седьмой почил; посему благословил Господь день субботний и освятил его.
(Исх. 20:8-11)
Переменит или нет?

И о воплощении, разве не сказано ранее:
13 И сказал мне Господь: брось их в церковное хранилище, — высокая цена, в какую они оценили Меня! И взял Я тридцать сребренников и бросил их в дом Господень для горшечника.
(Зах. 11:13)
Не помните Кого оценили в 30 серебренников?

Через пророка Малахию Бог сказал: «Я — Господь, Я не изменяюсь» (Малахия 3:6). Французский библеист Л. Фийон отметил, что это высказывание тесно связано с осуществлением Божьих обещаний. «Иегова мог уничтожить непокорных людей,— пишет Фийон,— но, так как он не изменяется, оставаясь верным своему слову, он при любых обстоятельствах исполняет то, что обещал раньше». Бог не забывает обещаний, данных отдельному человеку, нации или всему человечеству, и исполняет их в определенное Им время. «Вечно помнит завет Свой, слово, которое заповедал в тысячу родов» (Псалом 104:8).

Иер 23:5-6 : "Вот, наступают дни,— говорит Иегова,— когда я дам Давиду праведного наследника*+. И царь будет править+, он будет действовать благоразумно, поступать справедливо и праведно в этой земле+. 6 В его дни Иуда будет спасён+ и Израиль будет жить в безопасности+. И вот имя, которым он будет называться: Иегова — наша праведность» (ПНМ) это про приход Иисуса Христа Иеговы на землю.