Если Бог Всесущий, значит Он присутствует и в добре и в зле, и в плохом и в хорошем?

Да, добро и зло - стороны одной медали, и как любые противоположности, обеспечивают развитие по диалектическому закону... а иначе это в дуальном мире не работает...)
Что было бы с вашим добром, если бы не было зла. (с)

Бог-вездесущий

И в каждом атоме Своего творения.

Это дела, происходящие из свободной воли существ. Присутствует - это значит видит их. Иначе можешь считать, что Бог сходит с ума, говоря одновременно и твоими устами, и моими. Так как говорить - это тоже дело.

Я бы сказал- всесующий.

Ну а как по другому? Одно без другого не бывает

зла не существует, это искажение, извращение добра.
И Бог вездесущ.

нет не значит. когда такое было? это больная логика. - как Бог может одобрять грех и давать добро на страдания невинных, что буксуешь?.

Св. Григорий Палама: "Бог есть и называется природой всего сущего, ибо Ему всё причастно и существует в силу этой причастности, но причастности не к Его природе, а к Его энергиям".
Следовательно, космос без субстанцирующей его Божественной энергии есть ничто, небытие. Бытие мира зиждется искл. на силе, энергии Божественного слова: "И сказал Бог: да будет... И стало так!" "Ибо всё из Него, Им и к Нему" (Рим. 11:36). Таким образом, в основе мира лежит не какая-то вечная материя, но нетварная, духовная идея Бога о мире, Его энергии, и в этом смысле "Бог есть и называется природой всего сущего".

Что значит "всесущий"?