Почему христиане, вошедшие в силу после 2,5 веков гонений, повели себя не лучше язычников и начали такие же зачистки?

Действия Констанция II, который правил с 337 до 361, могут считаться началом формального гонения на язычество со стороны христиан. При Констанции были введены законы, полностью запрещавшие языческие практики. В 341 году императором был принят закон, запрещавший жертвоприношения: «Да прекратится суеверие и да будет отменено безумие жертвоприношений» (лат. Cesset superstitio, sacrificiorum aboleatur insania). Аналогичное распоряжение было выпущено в 346 (по другим данным, 342) году. Законы 354 и 356 года предписывали смертную казнь совершавшим жертвоприношение, а также наместникам провинций (лат. rectores provinciarum), где будут совершаться жертвоприношения. Современники, в частности, Либаний, Юлиан, Оптат Милевийский связывали с именем Констанция запустение языческих храмов. Традиционный Алтарь Победы был удален из Сената во время визита Констанция в Рим в 357 году. Часто обычные христиане совершали разрушения, грабежи, осквернение, вандализм многих древних языческих храмов, гробниц и памятников.
Новое преследование язычества началось в 381 году Феодосием I, который был ревностным христианином. В 380 Феодосий подтвердил запрет Константина на языческие жертвоприношения и гадания по внутренностям под страхом смерти, ввел наказание для магистратов, которые не усердствовали в исполнении антиязыческих законов, распустил некоторые языческие объединения и разрушил храмы. Между 389—391 он издал указы, которые вводили запрет на язычество; посещения языческих храмов были запрещены. «Культ идолов, который постановлениями Константина начал пренебрегаться и разрушаться, в его правление был уничтожен», — писал церковный историк Руфин (II. 19)[19]". Оставшиеся языческие праздники отменили, вечный огонь в храме Весты на Римском Форуме был погашен, весталки разогнаны, содействие язычеству и колдовство наказывались. Феодосий отказался восстановить алтарь Победы в Сенате, когда его просили сделать это языческие сенаторы. При Феодосии были прекращены, как языческие по сути, проводившиеся с древности Олимпийские игры; последняя Олимпиада датируется в Древнем Риме 393 годом.
Между всеми восточными городами Римской империи Александрия представляла собой центр учёности и философии. Хотя христианство было довольно распространено в городе, тем не менее язычество имело здесь много приверженцев. Языческая культура в IV в. с успехом отстаивала себя против христианских влияний в Египте, и знаменитый храм Сераписа в Александрии являлся центром языческого культа. При храме была большая библиотека. Обстоятельства уничтожения фондов Александрийской библиотеки исторически не задокументировано, но так как она была при храме Сераписа, то разрушение христианами храма говорит о том, что их роль в уничтожении библиотеки была не последней.
В 415 году в Александрии христианами была разорвана на куски сторонница неоплатонизма женщина-учёный Гипатия Александрийская (370—415). Многие авторы предполагают причастность к этой расправе Отца Церкви Кирилла Александрийского.
Император Юстиниан был вынужден принять новые меры против язычества, которое продолжало сохранять сильные позиции прежде всего в старых городах Восточной Римской империи. Так, в 529 году он запретил язычникам преподавать где бы то ни было. Юстиниан также принял меры против конкретных культов, прежде всего на восточной границе империи: им был закрыт храм Исиды в Филах и ряд других ещё действующих культовых центров.

12 марта 2000 года Папа Иоанн Павел II публично просил прощения за то, что «христиане часто узурпировали власть, нарушая права этнических групп и народов, и показывали презрение к их культурам и религиозным традициям».