Если уволенный работник отказывается вернуть полис ОМС.Как его списать или аннулировать?

ну у вас и медицинская компания- идиотская, я бы сказала. .
сделайте хитрее- узнайте. какое заявление надо писать. если полис- утерян, а потом, при подаче списков уволенных работников- пишите- что полис утерян и прилагайте заявления ( ну уж а как их писать- это уж я вас учить не стану...)

в страховую фирму полиса -сразу анулируют

При возможном обращении уволившегося работника в мед. учреждение в регистратуре этого мед. учреждения первым делом по компьютерной базе данных проверяют действительность полиса (несколько раз самой приходилось быть свидетелем конфуза таких наивных граждан у окошка регистратуры).

Сходите в страховую компанию, известите их, что работник уже уволен. Они у себя это отметят. Ничего страшного, что он не вернул полис.

поставить в известность страховую компанию где он застрахован они сами полис аннулируют

Действие полиса ОМС прекращается с момента сроков расторжения или окончания трудовых договоров. При увольнении с постоянного места работы работающие граждане обязаны вернуть полис работодателю, а работодатель передать его страховой медицинской организации не позднее десяти дней после увольнения.
В Вашем случае достаточно написать письмо в страховую компанию, в котором указать, что просите полис такой-то считать недействительным и исключить его из единой информационной базы системы ОМС Вашего города (района) .
Никаких серьезных негативных последствий для Вас эта ситуация не несет.