как подтвердить оплату алиментов, если деньги отдаю на руки, а бывшей жене нужна справка для субсидий..

Значит это проблема должна быть вашей жены если она везде отгрызть хочет, пусть сама принимает меры для того что бы обезопасить Вас.

А решение суда то есть о их взыскании? Или нотариально удостоверенное соглашение о их уплате?

Нужно брать с бывшей расписку о получении денег в счёт алиментов...

А почему ваша жена не даёт вам расписки о количестве полученных денег-то? Или же посылайте ей через банк- но все квитанции сохраняйте да ксерокопьте, а то исчезают все надписи на том чеке через пол-года. А вы не боитесь, что через какое-то время ваша БЖ подаст на вас в Суд за то, что вы не выплачиваете ей алименты на ребёночка? Как вы доказывать-то будете, что это не так??? Нормальные мужики через свою бухгалтерию денежки отправляют или через банк, да ещё в назначении платежа ОБЯЗАТЕЛЬНО указывают, что это алименты за такой-то месяц и такой-то год. А так, как вы отдаёте- это филькина грамота и ни один Суд вам не поверит на слово при обращении вашей БЖ с заявлением о невыплате тех алиментов. Только вот сумма набежит приличная и вы останетесь без штанов, потому как судебные приставы помимо алиментов вам насчитают ещё и пеню. Ну а если вы ещё и неофициально работаете, то будьте готовы платить те алименты из расчёта 39 что ли тыс среднего заработка по России да плюс пеня. Оооой, мало не покажется... А БЖ может вам что угодно говорить))))

нотариальное соглашение о добровольных отчислениях с указанием сумм, сроков и так далее

никак.
не быть дураком и не отдавать на руки, по почте, на карту или под расписку.