Согласно МК от 02.10.12. налог с тонны нефти всего 446 рубл. Это примерно 0,24 процента???

Там всё посложнее.
Есть налог на добычу и разовые выплаты за разведку.

"По действующему законодательству в статье 41 Закона "О недрах" обозначался рентный характер платежей за добычу полезных ископаемых, которые должны определяться "с учетом вида полезного ископаемого, количества и качества его запасов, природно-географических, горно-технических и экономических условий освоения и разработки месторождения, степени риска". С этой целью были установлены минимальные и максимальные ставки роялти, к примеру, для нефти и газа эти ставки равны от 6 до 16%. Размер ставки для конкретного участка недр устанавливался при выдаче лицензии на право пользования недрами и мог изменяться вплоть до их полной отмены (статья 40 Закона "О недрах") в зависимости от перечисленных выше рентных факторов.

...

Составители законопроекта не обошли вниманием и себя. Только для нефти установлены две ставки: с 1 января 2002 года по 31 декабря 2004 года устанавливается твердая потонная ставка - 425 рублей за 1 тонну добытой нефти, а с 1 января 2005 года - процентная ставка 16,5%. При этом в последнем варианте потонная ставка снижена с 600 руб. до 425 руб. Много это или мало? Произведем простые арифметические расчеты. При курсе 29 руб. /долл. потонная ставка составляет всего 14,7 долл. за тонну добытой нефти. Для сравнения покажем, что должны платить нефтяники по действующей системе платного недропользования:
отчисления на воспроизводство МСБ, ставка которых равна 10% средней внутренней цены нефти на российском рынке (3000 руб. /т) , то есть 300 руб. /т, или 10,3 долл. /т;
платежи за право добычи (роялти) , которые при средней по России ставке, равной в настоящее время 8%, составляют 240 руб. /т, или 8,3 долл. /т;
акциз на нефть, равный 66 руб. /т, или 2,3 долл. /т;
вывозную таможенную пошлину, равную сегодня 20 евро/т, или 18 долл. /т (1 евро = 0,9 долл.) . Обратим внимание, что еще в марте текущего года эта пошлина была равна 48 евро/т.
Таким образом, сегодня нефтяные компании платят как минимум 38,9 долл. за каждую добытую тонну нефти, что в 2,6 раза выше потонной ставки, представленной правительством на утверждение депутатам Госдумы, что, по нашим расчетам, снизит поступления в бюджет 2002 года не менее чем на 30-40 млрд. руб. "

Это старая статья, но она разъясняет общий механизм налоговых платежей.

Какой налог? НДС? Налог на недра? Транспортный?

Потому что правительство и дума состоит из людей имеющих интерес в нефтяном бизнесе. При таком раскладе вообще странно, что они хоть какие-то налоги платят.

Вас подло обманули. Там много налогов, и сумма выльется не малая:
Налог на прибыль
Налог на добавленную стоимость
(НДС)
Налог на добычу полезных
ископаемых
Платежи за пользование недрами
Прочие корпоративные налоги
Таможенные платежи...

на самом деле 446р. это примерно 2 процента от стоимости тонны нефти, потом о каком налоге идет речь? с нефти много налогов взимается.