Что имел ввиду император Александр №-й говоря: "Россия — для русских и по-русски" ?

вот почитайте, очень познавательно и интересно. Ссылка не идет, поэтому вот часть статьи ""Истинный богатырь русской земли, Император Александр III руководящим девизом своего царствования поставил: "Россия для русских". Для достижения такой цели, составлявшей возврат к русской национальной политике XVI, XVII и XVIII веков, Император Александр III, по словам бывшего во время его царствования министра финансов Н. Бунге, признавал необходимым принять следующую программу действий:

1) удовлетворить народному чувству, по которому Россия должна принадлежать русским;
2) освободить нашу внешнюю политику от опеки иностранных держав;
3) упорядочить и скрепить внутренний строй управления;
4) развить духовные и материальные силы русского народа.
Для достижения этих целей в русском государстве должны были господствовать:
а) русская государственность, т. е. русская государственная власть и русские учреждения, примененные, где то требовалось, к бытовым условиям инородцев и окраин;
б) русская народность, освобожденная от иноплеменного преобладания;
в) русский язык как общегосударственный;
г) уважение к вере, исповедуемой русским народом и его Государем.

Являясь истолкователем мыслей Государя, Н. Бунге признавал, что, следуя путем, указанным державным вождем русского народа, требовалось добиваться, чтобы иноплеменники стали со временем сынами русской земли, а не оставались вечно ее приемышами",
http://rusk.ru/st.php?idar=174842

В его России русские были титульной нацией...

то что Россия создана русскими людьми была и обьединила и вязла под свою защиту многие народы и вполне логично что Россия это государстов русских людей)

Сложный вопрос, на который нельзя однозначно ответить.
По всей видимости на тот момент у Саши 3-го было историческая необходимость сказать именно так, и думаю тут немаловажную роль играло именно отдаление России от Европы (не стоит забывать, что через какие-то 20-30 лет началась 1-я мировая) . Русскими он называл тех, кто жил в России, а не конкретную нацию, а Россия на тот момент называлась Российская Империя.
Я совершенно уверен, что он не имел никакого экстремизма против населения своей страны, которую ему пытаются приписать сейчас.
И таких примеров - множество, взять хотя-бы использование Гитлером древнеарийского символа свастики, до сих пор использование его запрещено законом, хотя уже все давно знают, что нацистская Германия просто присвоила себе этот древний символ, нимало не заботясь о последствиях. Кстати, пользовали они и христианский символ креста (на технике и в наградных знаках) , а также на бляшке солдат была надпись "С нами бог", но про это предпочли тихонько забыть выместив всю злобу на свастике.

как говорил так и имел

Смешно слышать такое воззвание от Немца в Н-ном поколении!