Почему, перед тем как строить город на участке, не насыпать пару метров земли, что б избегать паводка и затоплений?

Там, где с землей дефицит и проблемы (Голландия, СПб) - так и делается.
Причем "поднимают даже морские участки, а не только нижкие и болотные.
В СПб целые районы застройки - стоят на намытом земснарядами песке.
Сургута (Обь) современного без этого не было бы.
А весь Якутск (Лена) - на сваях стоит, включая многоэтажки. Правда,
в Якутске - это в большей степени из-за вечной мерзлоты.

Это дорого и не рационально. А вот запрет на строительство в поймах рек был бы вполне оправдан. А то заранее зная о затопляемости территорий всё равно строят, рассчитывая на последующие компенсации и дотации. Ещё в середине прошлого века старые дома, что бывали в таких местах, строили на сваях с соответствующими высокими лестницами. Люди знали о периодической затопляемости и такие дома на сваях не страдали, оказывались выше воды во время паводков. А сейчас хитрожёлтые бизнесмены на этом деньги делают за счёт гос. бюджета.

Можно сразу выбрать место повыше, насыпать бестолку, на топких местах крунт просядет со временем. Просто людям нужно место рядом с портом

То есть на каждый квадратный метр насыпать два кубометра грунта? Можно. Так иногда даже делают - японцы например недавно насыпали целый остров. Но дороговато.
Сколько получится на квадратный километр?

Можно поднимать дома на сваях.

это из какого материала надо? такая корка как выдержит ?

в обычных местах снимается верхний слой, там более плотная идёт земля, что очень важно в плане дабы не просел дом.

Просто не строить в пойме, насыпная земля не спасет. А то все овраги застроили и власти им виноваты