Можно ли с помощью акрониса поставить линукс? или лучше через загрузочную флешку?

Конечно. И еще с помощью многих программ:

2) Backup & Recovery 10 Professional (от Paragon Software) - это решение для резервного копирования, восстановления и миграции систем, предназначенное для физических и виртуальных домашних сред, работающих под управлением Windows. Backup & Recovery 10 основан на популярнейшей линейке продуктов Drive Backup и предлагает два подхода к резервному копированию: проверенный временем, характеризуемый богатой функциональностью и отличной гибкостью, и новый, основанный на минимальном участии пользователя и простоте. Наш продукт воплощает в себе новейшие направления в миграции и защите систем.
Backup & Recovery 10 Professional работает как с 32, так и с 64-битных версий Windows.
Под Windows: 7/Vista/XP/2000. Интерфейс: Русский есть. Лицензия: 590 рублей.
Paragon Backup & Recovery Professional можно приобрести на официальном сайте программы,
либо в интернет-супермаркете "Softkey", сайт: http://www.softkey.ru/
сайт программы: http://www.paragon.ru/home/br-professional/index.html
Бесплатная версия данной программы Backup & Recovery Free Edition 10 - с 01. 03. 2011г. больше не обновляется.
или http://soft.softodrom.ru/ap/Backup-amp-Recovery-Free-Edition-p8869

3) Norton Ghost v15.0 включает в себя развитые возможности архивации и восстановления данных для персональных компьютеров.
Допускается создание точной копии жесткого диска (перезагрузка компьютера при этом не нужна), в том числе для его переноса на другой жесткий диск, при этом Norton Ghost поддерживает перенос не только операционной системы, но и инсталляций отдельных приложений. Поддерживается быстрое восстановление данных, планирование автоматической архивации, копирование резервных данных на CD, DVD, сетевые диски и внешние устройства с интерфейсом USB или FireWire, создание аварийного диска для быстрого восстановления системы после сбоя и многое другое. (Интерфейс: Английский. Размер архива: 120 Mb.)
[ссылка появится после проверки модератором]
или [ссылка появится после проверки модератором]

4) O&O DiskImage Pro - программа для создания резервных копий информации, находящейся на жестком диске ПК, в виде образа диска, а также для клонирования жестких дисков.
Создаваемые образы можно зашифровать и\или заархивировать. Поддерживается работа как с жесткими дисками, так и внешними устройствами хранения данных - внешними винчестерами, USB-дисками и т.п. Допускается установка созданного образа в O&O DiskImage для его использования в качестве виртуального диска. Имеется модуль записи информации на CD, DVD или Blu-Ray диск.
Еще одна полезная опция программы - копирование разделов жестких дисков, т.е. возможность точного (посекторного) переноса содержимого с одного жесткого диска на другой.
Под Windows 7/Vista/XP. Интерфейс: английский и немецкий (Русского нет). Лицензия: Shareware, $29.95.
сайт программы: http://www.oo-software.com/home/en/products/oodiskimage/
или http://soft.softodrom.ru/ap/O-O-DiskImage-Pro-p6675

Бесплатные программы:
=====================
5) FBackup - программа защищает Ваши важные данные при помощи автоматического резервного копирования на любой USB/Firewire накопитель, локальный, или сетевой диск. Резервируемые данные могут быть заархивированы (с использованием стандартного zip формата), или скопированы с сохранением исходного вида и структуры как точная копия исходных файлов." Минус программы в том, что она не делает запись на CD/DVD.
Под Windows: 7/Vista/XP/2008/2003/2000 Server (32 and 64-bit). Интерфейс: Многоязычный (Русский есть). Лицензия: Freeware - Бесплатная.
сайт программы: http://www.fbackup.com/ru/
или http://soft.softodrom.ru/ap/FBackup-p10169

6) EASEUS Todo Backup - Программа EASEUS Todo Backup с помощью удобного пошагового мастера позволит пользователю создать резервную копию.
сайт программы: http://www.karenware.com/powertools/ptreplicator.asp
или http://soft.softodrom.ru/ap/Karen-s-Replicator-p2930

Вообще то если на установочной флешке или диске есть программа GParted то акронис не нужен-раздел под linux и тот же swap из под неё можно создать без проблем.