Как записать CD-R в формате MP3, что бы один трек был наложен на другой ?

С помощью аудиоредактора соединяешь все треки в один и записываешь.

Ashampoo Music Studio – полнофункциональный программный пакет, предназначенный для работы с аудиофайлами, умеющий копировать аудиодорожки на жесткий диск в форматах WMA, MP3, OGG, FLAC и WAV. Также программа позволяет пользователю создавать плейлисты, записывать диски всевозможных форматов, редактировать аудиодорожки и т. д. Программа пригодится всем, кто имеет дело с цифровой музыкой. В последнюю версию включено все необходимое для создания, редактирования и управления вашей коллекцией цифровой музыки. Вы сможете резать и микшировать файлы, записывать созданные композиции. Также программу можно использовать в качестве обычного музыкального плеера. Обладает красивым и легким в использовании пользовательским интерфейсом с многоязычной поддержкой, включая поддержку русского языка.

Ashampoo Music Studio предлагает широкий набор функций - от создания и до продюсирования музыки:
Создавайте. Оцифруйте Ваши аудио CD и наслаждайтесь великолепной высококачественной цифровой музыкой. Ноутбук, плеер или мобильный телефон - слушайте Вашу любимую музыку в любом месте, в любое время.
Перенесите Вашу драгоценную музыкальную коллекцию на Ваш ПК и позвольте Music Studio создать для Вас все необходимые файлы.
Записывайте Ваши собственные аудио файлы через любое из доступных устройств записи Windows, например, через микрофон или линейный вход, и обрабатывайте их прямо в Music Studio.
Извлекайте музыку прямо из Вашего любимого фильма и создавайте Ваши собственные рингтоны и ремиксы.
Редактируйте. Возьмите под контроль Вашу музыкальную коллекцию и приспособьте Ваши песни под Ваши личные предпочтения.
Music Studio автоматически создаст содержательные имена файлов для Ваших песен. Превратите “Allegro con brio.mp3” в “Beethoven – [Op. 15] – Allegro con brio.mp3” и ещё лучше контролируйте Вашу музыкальную коллекцию.
Слишком громко или слишком тихо? Песня слишком длинная? Не тот формат аудио? Всё это Вы можете с лёгкостью исправить - с помощью Music Studio.
Творите. Каталогизируйте Вашу музыкальную коллекцию и больше не теряйте треки с Ваших аудио дисков.
Создавайте великолепные обложки для коробок для дисков или печатайте прямо диске. Cover Editor в Music Studio позволит Вам создать настоящее произведение искусства в кратчайшие сроки.
Продюсируйте. Ваши файлы оцифрованы, сконвертированы и отредактированы. Самое время записать их на диск, как для хранения, прослушивания на CD плеере, так и в качестве подарка другу. Почему бы не внести разнообразие и не объединить Ваши треки для создания чего-то нового?
Track Mixer в Music Studio позволяет попробовать свои силы в создании новых треков для Вашей музыкальной коллекции. Благодаря полной поддержке плавных переходов, легко объединить Ваши существующие треки и создать что-то новое.
Используйте MP3, WMA, FLAC, OGG, или WAV файлы для записи Вашего собственного Аудио CD, а также MP3, WMA или даже дисков со смешанным содержимым.

в NERO есть такая функция, да и во многих других записывальщиках, при записи есть убрать промежутки

Это не от записи зависит, а от проигрывателя. в некоторых есть такая функция