Почему не все программы устанавливаются в папку Program files, некоторые например ставятся в AppData?

Это своего рода вирус. Папка эта скрытая, найти её может далеко не каждый а уж удалить оттуда программу тем более. Проги меняющие стартовые страницы, непонятные браузеры, поисковики, всякий шлак.... Но те же программы, могут ставится и в программ файлс, и в апп дата, удалишь из программ файлс ,-она снова "воскреснет",потому удалять нужно и из программ файлс и из апп дата. Да и все деинсталлированные программы лучше удалять и из апп дата тоже.

AppData - доступна пользователям (без прав администратора) для записи, поэтому программы создающие профиль для каждой учетки часто ее используют.
Иногда программа ставит часть в Program files, а то что связано с профилем пользователя в AppData.
Это удобный и рабочий механизм. А, куда еще профиль программы размещать? В Мои документы?
Не видят смысла только те, кто привык всегда сидеть под учеткой админа.

Это может быть нужно по ряду причин, например, для автоматического обновления программы в фоновом режиме без оповещения пользователя. В пользовательской папке программе не нужно спрашивать разрешения на запись в неё.

Весь нормальный софт ставится в папку Program files В AppData ставятся только социальные трояны...

Это сделано для упрощённой установки программы, что бы при установке программы не требовались права администратора, и соответственно не отображались сообщения для подтверждения и разрешения прав администратором. Так как папка AppData у каждого пользователя своя, то к ней не требуется разрешение администратора. Это в последнее время стало нормальной практикой разработчиков ПО.