А зачем нужен реестр и в чём его преимущества? Почему windows не хранит настройки просто в файлах как другие ОС?

чтобы сэкономить место. Раньше в каждой проге имелись свои файлы настроек. Их решили объеденить, чтобы избежать повторов. При современных дисках в несколько терабайт - экономи незначительна, а вот скорость и глюки в разы.

Возьмём любую портэйбл прогу. У неё всё есть внутри папки и поэтому можно запускать хоть откуда и реестр ей не нужен.
Поэтому я предпочитаю портэйбл проги.

с чего его нужно чистить и дефрагментировать?

ничего хорошего в реестре нету. тяжеловесное убожество
Но так уж повелось

Вот полная копия реестра Windows 10 с кучей установленных программ, разве много весит?

это изобретение микрософта, ушербное, как и все, собственно созданное микрософтом (а не стыренное у нормальных ОС)

Грубо и вкратце - отличия такие же, как отличия реляционной базы данных и записей в ней от просто набора файлов с той же информацией.

Кратко. В ранних версиях Windows все настройки хранились в текстовых файлах INI. Потом их просто объединили в единую базу и написали программу. Если рассмотреть файл REG и файл INI, то они практически идентичны по своей структуре. У реестра стало несколько больше возможностей, т. к. это все же хоть какая-то база данных. Файлы INI ограничены на запись в отличии от реестра. А вот то, что нужно или нет чистить реестр, можешь прочесть здесь http://sme55.ru/pages/regclin.php В принципе, отвечу на это сразу: чистка реестра - это бред.

Никто не мешает разработчикам программ игнорировать реестр и хранить настройки в своих текстовых файлах. Некоторые так и поступают.