Какой установить Linux для сервера где находятся базы 1C бухгалтерии?

Линукс можно поставить любой, единственное что вам нужно определится так это в каком виде хранятся базы 1С на сервере, если они просто расшарены по сети то вперед вам подойдет связка Любой_дистрибутив +Samba3, если же базы у вас загнаны в *SQL сервер БД то тут геморока побольше и линуху я бы для этого использовать не стал =).

P.s Первый коммент жжет - "есть линукс уже с базами. называется freebsd." FreeBSD это не линукс, да ктому же о каких базах идет реч непонятно =)

Если вам нужно просто где-то хранить базы 1С то пойдёт любой Linux с Samba, Можно даже вообще какой-нибудь NAS поставить (заводского изготовления или самосборный - спец. дистрибьютивы)
Чтобы заработала сама 1С на Linux есть платная программка WINE@Etersoft.

Она платная, не спорю, но ведь у вас хватило денег на саму 1С? значит и пять тысяч для этого вы тоже не пожалеете, тем более, что сама Windows стоит дороже.

Для работы с 1С подойдёт этот дистрибутив (он бесплатный) :

ALT Linux 4.1
ALT Linux 4.1 Desktop — простая в установке и использовании, надежная в работе универсальная операционная система для домашних и офисных компьютеров или ноутбуков.
xtreme.ws/news/2009-04-26-20895
http://www.altlinux.ru/go/download/
http://soft.softodrom.ru/ap/ALT-Linux-p7069
http://www.altlinux.org/Releases/Download

В остальных дистрибутивах 1С может и не заработать.

есть линукс уже с базами. называется freebsd.также можно поставить fedora или ubuntu