Windows 98 нужен совет

Win98 ствавиться почти так же как и XP и др. версии. С NTFS разделами работать не умеет, но есть сторонние продукты, позволяющие этот недостаток исправить (юзаеи поиск) .
НО, если уже установлена версия Windows выше 98, то Win98 может отказаться устанавливаться до тех пор, пока будет обнаруживать более свежую версию Windows. Если Win98 и встанет, то затрет загрузчик. Т. Е. грузиться будет только 98-я и придется либо переустанавливать XP/Vista или использовать сторонние менеджеры загрузки.
А вообще, Win98 очень нестабтльная ОС, не вижу смысла ее ставить, много нервов. Если очень хочется, то можно погонять под виртульной машиной, вроде VMware, VirtualBox и т. д.

Прежде чем ставить систему на диск, очищенный программой DiskEdit необходимо разметить диск. Это делается программой fdisk, которая находится на загрузочной дискете DOS (эту дискету можно сделать в Windows 98, 95, Me).
Загрузившись с системной дискеты наберите в командной строке "fdisk".

Если у вас большой жёсткий диск - программа выдаст предупреждающее сообщение, выберете "Y" на предложение работать с большими дисками.

В главном меню 4 пункта:
1 - Создание раздела
2 - Установка активного раздела
3 - Удаление раздела
4 - Информация о дисках

Нажмите "4", а затем "Enter" - и получите информацию о текущем разбиении. У вас должна появиться информации о том, что Логические диски не определены.
Нажмите "Esc" для возврата в главное меню.

Теперь нажмите "1" и "Enter" - появится меню Создания разделов
1 - Создать основной раздел
2 - Создать дополнительный раздел
3 - Создать логические диски…

Нажмите "1" и "Enter" - начнётся создание основного раздела (появится надпись о проверке диска, и счётчик от 0 до 100%).
Этот раздел может занимать весь диск, но тогда вы не сможете разбить его на логические, поэтому, когда программа предложит вам сделать основной раздел на весь диск - ответьте отказом "N". Счётчик начнёт считать заново, а затем вам будет предложено ввести размер первого логического диска в мегабайтах. Введите столько, сколько считаете нужным.

Затем, после создания основного раздела нажмите "Esc" для перехода в основное меню.

Выберите пункт "1 - Создание раздела", а затем "2 - Создание дополнительного раздела".
Процесс создания дополнительного раздела аналогичен созданию основного, только на предложение занять под дополнительный раздел всё оставшееся пространство отвечайте "Y".
Затем начнётся процесс создания логических дисков. Вы можете создать сколько угодно логических дисков - процесс будет продолжаться до тех пор, пока будет оставаться свободное место.
Наконец, процесс создания закончен.
Нажимайте "Esc" и выходите в основное меню.

Теперь осталось выбрать активный раздел - это раздел, с которого компьютер будет загружаться.
Выберите пункт "2 - Создание активного раздела".
И введите номер раздела (обычно это "1" - диск "С: ").

Выйдите в главное меню и выберите пункт "4 - Информация о дисках".
Вы увидите 2 раздела, напротив первого будет стоять буква "А" - этот раздел мы сделали активным.

После перезагрузки изменения вступят в силу.

По окончании работы с программой fdisk необходимо перезагрузиться.
Затем, после загрузки, необходимо отформатировать логические диски (хотя бы один - на который вы будете ставить Windows).
Если у вас один жёсткий диск - вы будете устанавливать систему на диск С: , а вот если у вас несколько жёстких (не путать с логическими) дисков - вы должны точно знать букву диска (что бы случайно не стереть нужную информацию) . Тогда наберите в командной строке "C:" - система сделает попытку перейти на диск "С: "; если диск С: неотформатированный - будет выдано сообщение об ошибке, если переход состоялся - наберите в командной строке "dir" - и увидите список файлов; перебирайте последовательно "D:", "E:", и т. д. пока не дойдёте до незанятого, который вы и будете форматировать.
Итак, попытка перейти на диск "С: " (или тот, который вы выбрали) закончилась неудачей. Снова наберите в командной строке "А: " и вы перейдёте на дискету.
Теперь наберите в командной строке "format c:" для того, что бы начать форматирование диска "С: " (или "format d:", "format е: " и т. д. для форматирования других дисков. На вопрос системы, хотите ли вы уничтожить форматированием все данные на диске, отвечайте "Y".

После того, как вы провели форматирование диска, можете начать установку Windows с CD.

windows 98 файловую систему NTFS не поддерживает, с диском Д работать не будет

Нет не будет. Windows-98 поддерживает файловую систему FAT или FAT32.
Раздел с NTFS он просто не увидит.