На линуксе система получается всё время скачивает новые пакеты и кладёт их в /var/cache?

А что тебя смущает?

>> На линуксе система получается всё время скачивает новые пакеты
Конечно же, не все время. Только периодически.
‎
>> и кладёт их в /var/cache?
В разных системах по-разному.
‎
>> И надо регулярно выполнять: $apt-get autoclean ???
Кому именно "надо"? Вот я в своих debian-based системах вообще ни разу не очищал кэш апта командой, т. к. этого "надо" не испытывал.
Если ты не можешь спокойно спать от того что в кэше что-то лежит - добавь очистку в крон или логаут-скрипт, и узбагойся.

Вынесу-ка в ответ.
1 - Система кэширует пакеты - это нормально. Никто не знает когда Вам пакет понадобится, когда нет. В т. ч. Вам может понадобится этот пакет буквально тут-же - может что-то пошло не так, может с зависимостями что-то не так и т. д. Очистить кэш не проблема сразу после установки. Это делается официально документированными способами! и командами! Можно даже совмещать их в одной строке-команде. На скачивание пакетов считается что будет потрачено больше ресурсов - в т. ч. Вы не думаете, но таким образом повышаете нагрузку в Интернет и на репозистории и не у всех ещё скоростной доступ. Если вот прям дико напрягает - всегда можно поставить задачу в cron.

2. - Если Вы пришли с Windows - у меня для Вас более чем плохие новости.
В Windows при установках творится полный ппц. Понятно что %TEMP% ещё задействован, но кроме этого:
Почитайте про эти 3/4 папки
WINDOWS\SoftwareDistribution\Download (и уж поверьте я видел там и больше 4Гб)
WINDOWS\Installer
WINDOWS\WinSxS (ну и соотв. для 64 разряда ещё ^_^)
Увлекательные истории обеспечены.
А когда обновляется система Windows 10 "новым образом" - приключения ещё веселее..

Вот только в линухе это чистится при желании одной командой, а Installer и WinSxS... Не буду об этом =)

И почему н-р Вас не смущает кэширование в Internet Explorer н-р? =)

А что там постоянно чистить? Накатил систему, установил все, что нужно, сконфигурировал, очистил. А дальше оно работает и кушать не требует. Сильно потребовалось обновить что-то - обновил, очистил кэш. Оно ж заполняется только при скачивании новых пакетов, а на линуксе обновляются лишь по необходимости, например, когда скучно и хочется приключений))