Какая самая лучшая файловая система и CMS для работы с файлами и большими архивами?

Абсолютно безразлично, какой именно из Linux ты будешь ставить. Единственная реальная разница между ними - используемый менеджер пакетов. Весь остальной софт ты можешь добавлять / удалять / обновлять по своему желанию.

Но, разумеется, установка на сервер серверного варианта Linux потребует меньше усилий по настройке.

Из файловых систем наиболее безопасный выбор - Ext4. Если же хочешь больше возможностей - Btrfs.

CentOS умер - Red Hat объявила о прекращении его развития.

Debian - это всегда стабильный, но немного устаревший софт - если пользоваться только официальными репозиториями Debian.

В серверном Ubuntu (построенном на базе Debian) софт поновее.

Btrfs

Файловая система файлы
записывает
считывает
удаляет

выдает содержимое папок.

обслуживает информацию об дефектных секторах, таблице свободного пространства

архивированные файлы обрабатывают специальные программы, которым наплевать на тип файловой системы

Садись Вовочка, два балла.

MS DOS и соответственно FAT

Только CentOS

XFS

linux без разницы в контексте твоей задачи. Но в целом для серверной ОС странно что-то брать кроме Debian/Ubuntu.

>большим количеством файлов

Вот это ни одна ФС не любит. Очень желательно обойтись без кучи файлов в ФС в целом и без кучи файлов в одной папке.
Проблему хранения большого количества файлов в ФС решают нарезая файлы на чанки и склеивая массивы чанков в большие блобы по несколько десятков Гб, метаинформацию о файлах в этих блобах (аттрибуты файла, id блоба, размер и оффсет в блобе на содержимое файла) хранят отдельно. Так работает большинство объектных систем хранения данных. Обычно просто берут такое объектное хранилище с s3 интерфейсом и пишут-читают в него обстрагируясь от работы с ФС - плюс там обычно и компрессия есть, и отказоустойчивость/HA, erasure coding.