Отображаются ли в iTunes фотографии, сделанные на айфон??

После синхронизации - да, ваши фотографии появляются в медиатеке iTunes. Удалить сделанные вами фотографии можно с самого телефона, а картинки и фотографии, добавленные через iTunes - только в самом iTunes (сняв галочку синхронизации или удалив файл из медиатеки)
Т. е. у вас получилось вот что: Вы сделали снимки, они сохранились в папке с фотографиями и вашими видеозаписями (теми что снимали на камеру) . Затем вы перенесли эти фотографии на компьютер (вероятно скопировав папку DCIM, т. к. спрашиваете, сохраняются ли они при синхронизации - т. е. не знали об этой функции) и рассортировав их, добавили в iTunes, после чего синхронизировали телефон. Сейчас вам нужно просто удалить содержимое той самой доступной из проводника Windows папки с фотографиями (либо полностью, либо выборочно, оставив только те которые вам нужны. Или же удалить их из папки "Фотографии" на самом iPhone.
У меня не iPhone, у меня iPod Touch 4g с прошивкой 4.3.3 - фото прекрасно удаляются (те что сделаны тобой) - сомневаюсь что в айфоне не так - ios идентична
Да, насчет фото погорячился, извиняюсь - тунец делает резервную копию файлов, но не отображает. Значит удалять в проводнике или с самого айфона.

Упорядочить всё на компе сначала - потом синхронизировать ...Удалённые ( перемещённые ) с компа - в айфон не попадут ...Как вариант - iFunBox - вместо тунца, но поакуратнее там, где не знаешь )) ...Добавлено _ " ответ Чемберлену " на пост выше - не путай народ - в айтюнз ни графика ни видео НЕ ВИДНЫ, видны только папки для синхронизации ...В прошивке 4.3.3 на айфоне - УЖЕ НЕТ опции удалить фото ...4.3.5- пока не ставил - мб там и вернули ...