Как делаются схемы на микроконтроллерах?

Ну тут в двух словах конечно трудно рассказать, но попробую.
Ноги контроллера в зависимости от того, как они запрограммированы могут использоваться как цифровые входы, цифовые выходы или как-то специфически (как выводы какой-то встроенной в контроллер перифериии, встроенного АЦП, компараторов ...) Как конкретно используются выводы - определяется в программе на этапе конфигурирования.
В данном случае MCLR используется в схеме сброса контроллера (можно её так сконфигурить, чтобы когда на ней напруга ниже определённой - происходил сброс) . Соответственно R1 - просто подтяжка этой ноги к питанию. Когда подают питание на схему - кондёр C1 заряжается через R1 и как только напруга станет достаточной - контроллер выходит из состояния сброса. Если R1 будет слишком маленьким - при замыкании кнопки Reset будет слишком большой ток, если слишком большим - любые утечки дадут на нём такое падение напряжения, что контроллер всегда будет в состоянии сброса.
При замыкании кнопки Reset С1 через диод D2 разряжается, напруга на MCLR падает и происходит сброс.
Примерно аналогично работает R3, R4, C2, RA1. Но тут можно сказать только то, что RA1 - это вероятнее всего вход, а вот зачем на этот вход подаётся напряжение с C2 можно ответить только при наличии программы.
RA3 - очевидно выход. Когда на нём высокий уровень - открывается транзистор и загорается D1. Но тут есть ошибка - должен быть ещё резистор, ограничивающий ток базы транзистора.
Остальные каналы видимо используются и как входы и как выходы (раз на них и кнопки и дисплей подключены) . Когда и по какому алгоритму происходит переключение - надо смотреть программу.

Вот, почитай, что представляет собой твой пик-контроллер: http://radiohlam.ru/teory/progr_asm_2.htm

чтобы знать как сделать и какие резисторы поставить, люди книжки читают ибо знаниясхемотехники генетически не передаются.