БПЛА имеет большие задержки перед приемом-передачей данных до пилота, если находится за 3500км и общается через спутник?

через спутник - да

2-3 МИЛЛИСЕКУНДЫ при ручном управлении - это "большие" задержки? Ну-ну....

Время на "пролет" сигнала между устройствами (передатчик-спутник + спутник-приемник и обратно), плюс задержки на обработку — это уже зависит от конкретной реализации как приемника с передатчиком, так и работы спутникового ретранслятора.
Если спутник на геостационарной орбите — это около 72000км в одну сторону (от поверхности 36000 до спутника и снова на поверхность, это если он висит почти в зените, чем ниже спутник над горизонтом — тем дальше), уже около 0,24 секунды, плюс обратно столько же, плюс задержки на обработку в обоих направлениях.
________________
Итого: имеем задержку в 0,46 секунды в самом благоприятном варианте, если связь всегда идет через спутник, спутник висит в зените над "средней точкой" между оператором и БПЛА и временем на обработку сигнала можно пренебречь.

и чо!?

в смысле большие задержки? скорость электромагнитной волны 300 000км/сек, при такой скорости распространения сигнал управления дойдёт за пару милисекунд. Безпилотник же не получает команды управления по ультразвуковому каналу через твои 3500км. Им могут управлять через спутник только по причине что это уже не есть прямая видимость. Задержка сигнала идёт по причине что записи из камер наблюдения и других датчиков записывают в течении пары секунд и этот обьём информации сжимают и передают короткой пачкой импульсов для экономии заряда батареи. Можно обойтись и без спутников есть диапазон частот которые отражаются от ионосферы, но проблематично будет передать сигнал от безпилотника на базовую станцию за 3500км потому что нужна большая мощность сигналла.