Короткое замыкания в сети 0,4 кВ.

Мatlab прав. Если я правильно понял условие Вашей задачи, то этот режим не является режимом короткого замыкания.

да, будет перекос

и разрушение заземлителя - постепенно у кого-то в буквальном смысле земля под ногами начнет гореть и кого-то убьет

Тут большое значение имеет сопротивление проводов

Правильно думали, не верьте матлаб.

А не будет ли дикий перекос и на соседних фазах дико упадет U

1. На подстанции перекоса скорее всего не будет так как нагрузка по фазе номинальная.
2. В месте к. з. будет смещение нейтрали, но не на фазное напряжение а только на 1/2 его.

Обычный не симметричный режим. Рассчитывается методом симметричных составляющих. Чтобы выполнить расчет Ваших данных не достаточно. Нужно знать два из трех перечисленных параметров. 1. Сопротивление прямой, обратной и нулевой последовательности. 2. Фазные (линейные ) токи. 3. Три фазные (линейные) напряжения на нагрузке (в месте не симметрии).
Интересующее Вас напряжение будет равно геометрической сумме напряжения прямой, обратной и нулевой последовательности. Для однофазного КЗ напряжением обратной последовательности можно пренебречь. Не буду описывать утомительную суть расчета. Ваш случай. Замыкание фазы А. Замкнутая цепь .Напряжение источника фазы А считаем напряжением прямой последовательности равно геометрической сумме напряжений на нулевом проводе относительно заземленной нейтрали (считаем его Unn') и напряжение на переходном сопротивлении в месте КЗ (дуга и проч.). Другие фазы. Если общий нулевой провод - напряжение на нагрузке будет равно геометрической сумме Unn' и напряжение соответствующей фазы. Напряжение на нагрузке других фаз зависят от указанных сумм напряжений. Если отдельные нулевые проводники напряжения то напряжения на нагрузке не поврежденных фаз равно фазным напряжениям, потому что нейтраль заземлена. Если бы нейтраль была изолирована то при аналогичной ситуации появилось бы напряжение нейтрали относительно земли, оно бы суммировалось с напряжением неповрежденных фаз и привело бы к напряжения этих фаз.

Правильно перекоса не будет ибо сеть работает в номинальном состоянии
В силовом 3-хфазном трансформаторе на такой случай (резкий перекос между нагрузками фаз) есть байпасы. Т. е. у него не 3 стержня с обмотками а 5 стержней, на 2-х из которых обмоток нет - это байпасы на случай перекоса в нагрузках фаз.
Конечно не все силовые трансформаторы имеют байпасы, не имеющие байпасов таки перекосятся.