Какие бывают способы передачи информации на камне, бумаге и т. д., кроме нарисовать, написать, напечатать, вырезать?

Можно флешку приклеить.

Любое изменение его состояния, которое можно зарегистрировать. Технически та же флешка -информация, записанная в "камне", то есть в виде зарядов в слоях кремния и оксида кремния (кварца).

На бумаге можно писать и печатать многими способами, включая невидимые чернила. Раньше невидимые чернила проявлялись химически или помощи теплового нагрева. Сегодня есть чернила, которые начинают светится под воздействием слабого ультрафиолетового излучения. Подойдет даже светодиодный фонарик синего цвета.

Если говорить о камне, то древние кельты и пикты наносили насечки на край камня. Непосвященный в тайну человек не видел в зазубринах никакой системы и рисунка, а на самом деле кельты так обменивались ценной информацией. Тайнопись называлась огамическим письмом.

нанизать на ниточку в определенном порядке

как-то попалась статья, в которой рассказывалось об одной интересной задаче: как предупредить будущие поколения об опасных местах нашей современности - например, свалке радиоактивных отходов. проблема осложнялась тем, что мало того, что бумага истлеет, так ещё и не факт, что наши далёкие потомки поймут наши символы.

запомнилось оттуда два оригинальных способа передачи информации: а) в фольклоре - типа, пустить народных сказителей с гуслями бродить по весям, и пусть они передают страшные легенды об этих местах из уст в уста, либо б) налепить в этом месте какой-нибудь зловещий символ, типа вороха гигантских колючек - правда, это может, наоборот, привлечь потомков, как нас к стоунхенджу.

в общем, информация может принимать разные, в том числе нематериальные, формы, но неизвестно, распознают ли её "на том конце провода"

У всех этих и других предметов есть ещё: форма, цвет, количество, расположение, способы передачи от одного человека к другому, построение определённых объектов из указанных предметов.

Можно бросить камень. Это тоже вариант передачи информации, если заранее договориться что это значит)