Как управляют всякими глубоководными беспилотными аппаратами если радиоволны не проходят сквозь воду ?

Низкочастотные (десятки герц) сверхдлинные радиоволны - проходят.
Кроме того, на небольшие расстояния можно через кабель или ультразвуком.
https://ru.wikipedia.org/wiki/Связь_с_подводными_лодками

Как тогда подлодки выходят на связь?
Подумай.

Длинные и часть средних волн проникают на некоторую глубину, а дальше ультразвук, который тоже чудесно модулируется и проникает на десятки километров....

1. Управление по кабелю. Последнее время для этого применяют тонкое оптоволокно.
2. Связь по ультразвуковому каналу. Ультразвук в воде распространяется очень далеко. При определенных условиях он может, не затухая, обогнуть Землю и быть принятым в точке запуска.
3. Отечественный Витязь-Д - автономный беспилотный аппарат, погрузившийся в Марианскую впадину - робот. То есть, он работает самостоятельно по заложенной программе (включая маневрирование при возникновении препятствий), постоянно обмениваясь информацией с судном обеспечения по гидроакустическому каналу.
4. Есть и комбинированный вариант: на дно опускают станцию управления, связанную с поверхностью через кабель, а станция управляет аппаратом через акустику.

Низкочастотные радиоволны, которые, действительно, распространяются в воде хорошо и далеко, к сожалению, для целей управления не годятся, так как из-за весьма низкой частоты имеют малую скорость передачи информации (около 300 бит/сек, в 4 раза медленнее, чем флажковым семафором). Кроме того, передающие антенны этого вида связи имеют огромные габариты, измеряемые сотнями метров. Поэтому такая связь может использоваться только в режиме очень медленной передачи сигнала с земли. Подводный аппарат при этом может работать исключительно на прием.

По кабелю.
По нему же идёт и питание и ВДС,, если в аппарате есть люди

Вот это ты глупость отчебучил! Они пролетают! И даже со спутников управлять можно.