Если мне выпишут протокол со штрафом, а я напишу на нём "С протоколом не согласен", то штраф всё равно придётся платить?

Процедура такая (личный опыт и не однажды) и законно именно так и делает
ся - Первый протокол на штраф, а точнее постановление, вы его не подписываете вообще и тогда они ГАИшники автоматически составляют второй протокол для разбора полётов к начальнику ГАИ по месту вашего жительства, в нём укажут в какой день и в какое время туда явиться и вот в этом протоколе есть чистые строчки для пояснений, в нём вы пишите своей рукой, почему отказались от подписи первого протокола (постановление она штраф) , коротко но обосновано и его (этот протокол) вы подписываете и можете попросить у них бланк для пояснений, они есть в каждой патрульной машине, вот в нём можете расписать подробнее и он тоже приложится к делу и потом у начальника ГАИ аргументируете всё это, если менты были не правы, то начальник ГАИ протокол о штрафе анулирует и всё, ещё и извиниться за своих сотрудников (это правда, личный опыт) , а если и начальник в позу встанет, тогда в праве обратится в суд

Рассмотрение судом зависит от номера статьи, а не от вашего согласия или не согласия с протоколом. А обжалуется потом вынесенное постановление по делу. Порядок рассмотрения и обжалования расписан в КоАП. Штраф придётся платить, когда постановление вступит в силу.

Сначала можешь обжаловать в ГИБДД, потом мировой суд, районный и т. д. Это конечно если штраф солидный и есть смысл бороться

Чисто для справки: протоколов со штрафом не бывает. Бывает только постановление со штрафом (ст. 28.6 КоАП) . Если его подписали, то обжаловать будет очень и очень сложно - после драки кулаками не машут. Однако если обвиняемый не согласен с предъявленным обвинением, составляется протокол (в нём указываются все обстоятельства дела, перечень нарушенных пунктов ПДД - без этого протокол отменяют в 5 минут и дело закрывают, - и статьи КоАП, в соответствии с которыми квалифицируется нарушение) . Подписан Протокол или не подписан обвиняемым, для разбора не имеет значения. Отсутствие подписи только во вред обвиняемому - в этом случае он лишён возможности изложить свой взгляд на события прямо в протоколе. А объяснения обвиняемого в самом протоколе субъективно имеют больший вес и вызывают больше доверия, чем последующие "сказки" при разборе.

если не докажешь обратное

У ГИБДД два протокола с собой - первый для штрафов, второй для тех, кто не согласен.
По крайней мере сейчас так (в воскресенье видел сам) .

Если говоришь, что не согласен - то в протоколе надо указать все претензии. Штраф в данном случае будет накладывать тот, что будет рассматривать протокол.

Имейте ввиду, что многие мелочи надо указывать - представился ли сотрудник, кто составлял протокол (тот, кто остановил, или нет) , довели до вас все статьи, которые указаны в протоколе, и прочее. Все это может быть в плюс вам, т. к. могут просто закрыть дело и не разбираться, т. к. косяков сотрудников может быть больше, чем штраф вам.