Почему долго нельзя держать нажатым сцепление на включенной передаче.

Изнашивается выжимной подшипник, система привода сцепления (вытягивается трос, растягивается шланг, если гидро, гнутся кронштейны, тянутся шарниры) и передний подшипник первичного вала, который имеет меньший ресурс, чем задний.
Ну, и безопасность: нога может устать, соскользнуть и т. п.

Можно. Это раньше в качестве выжимных подшипников графитовые шайбы использовали, а они имели ограниченный ресурс, и не рекомендовалось долго держать сцепление выключенным во избежание перегрева и последующего разрушения подшипника. Сейчас применяют в основном упорные двухрядные шарикоподшипники, у них ресурс куда больше, чем у феродо самого сцепления.

Повышенная нагрузка на опорные полукольца коленвала. Потом коленвал люфтить начнёт при нажатии на педаль сцепления.

можно

Сейчас самому сцеплению и подшипнику до фонаря, но колено убьёшь.

Фередо (накладки) истираются.

сцепление сгорит

нагрузка на выжимной большая

Греется выжимной подшипник, смазка начинает вытекать, а остатки высыхать, может заклинить раньше времени.

Выжимной подшипник из строя выходит

Подшипнику ничего не будет. Важнее - безопасность. Когда машина едет накатом (с выключенным сцеплением), то каждое колесо крутится само по себе. Если одно колесо попадает на лед, воду, обочину, то машину может занести. Поэтому считается более безопасным выключать сцепление только для переключения передач и непосредственно перед остановкой. А еще в качестве бонуса - экономия бензина, поскольку на большинстве инжекторных двигателей при торможении с включенным сцеплением прекращается впрыск топлива в цилиндры. И резко сокращается тормозной путь.