Как водитель должен поступить в таком случае: остановка по разметке, либо игнорировать знак?

Стоп-линия - для остановки по требованию сигнала светофора.
Если светофор выключен, - остановка возле знака STOP. (для отчёта перед ГАИшником). А потом в удобном для обзора переезда месте (для реальной безопасности).

Знаки ДОЛЖНЫ устанавливаться по ГОСТу.
А что делать, если знак установлен "не так " ?
Остановиться у знака? Но ведь с этого места не видно едет ли поезд...
Жаловаться надо.
Сотня-другая жалоб ежедневно, и знак установят по ГОСТу.

Остановка по разметке, движение без остановки запрещено.
Погугли ролики, когда поезда проносятся при поднятом шлагбауме и неработающих светофорах.
Поверь, даже если поезд будет лететь 40-60 кмч - шансов выжить у тебя почти ноль.

останавливаться именно перед этим знаком ПДД не требуют.

стоп для идиотов стоит?

в любом случае проезд без остановки запрещен. в данном случае остановиться у стоп-линии и убедившись что поезда нет, продолжить движение

а как же правило проезда нерегулируемого переезда.

На данном светофоре отсутствует разрешающий сигнал бело-лунного цвета. Следовательно, проезд без остановки запрещен.
15.2. При подъезде к железнодорожному переезду водитель обязан руководствоваться требованиями дорожных знаков, светофоров, разметки, положением шлагбаума и указаниями дежурного по переезду и убедиться в отсутствии приближающегося поезда (локомотива, дрезины).

Знак 2.5 может быть установлен перед железнодорожным переездом или карантинным постом. В этих случаях водитель должен остановиться перед стоп-линией, а при ее отсутствии - перед знаком.
линия стерта... тормозим перед знаком

Тормозим у стоп-линии, смотрим по сторонам, и едем или не едем далее.
В чём проблема-то? Если светофор выключен, то знак обязывает остановится у стоп-линии, а если её нет, то у знака.