Какое правило ПДД, в случае затора, отменяет требование п.12.4 ПДД "Остановка запрещается: - ближе 5м. перед переходом"?

Это заложено в понятии "Остановка" п.1.2. Остановка это преднамеренное прекращение движения транспортного средства.
Остановка перед затором - вынужденное прекращение движения транспортного средства..

прекращение движения из-за пробки не является остановкой. Отделяй котлеты от мух

Чушь какую-то говоришь. Поспи, протрезвей))
Остановка, т. е. парковка, и остановка перед затором - разные вещи

Пункт 6,2 падэдэ разрешает останавливаться в случае непредвиденной остановке перед переходом ближе 5 метров!

Чушь это нарушение затор никак не влияет

В правилах дорожного движения Российской Федерации есть пункты с требованиями ограничений на движение транспортного средства в зоне пешеходных переходов, направленных на обеспечение безопасности пешеходов и на исключение помех для них, например, пункты ПДД РФ: 8.11 – запрещение разворота; 11.5 – запрещение обгона; 12.4 – запрещение остановок и стоянок.

Если за пешеходным переходом образовался затор, водитель должен выполнять требования пункта 14.4 ПДД РФ – «Запрещается въезжать на пешеходный переход, если за ним образовался затор, который вынудит водителя остановиться на пешеходном переходе».
В данной ситуации водитель должен пересекать пешеходный переход лишь при наличии достаточного места за пределом для возможной непреднамеренной остановки из-за возникшего затора. В пункте 14.4 речь идет о преднамеренном прекращении движения, а значит, на ситуацию требования пункта 12.4 ПДД РФ не распространяется.
Нормы пункта 14.4 ПДД РФ в равной мере относятся как к регулируемым, так и к нерегулируемым переходам.

А это означает, что водитель, в соответствии с требованиями ПДД РФ, не только должен дождаться, когда будет достаточно места за пределом пешеходного перехода, что бы пресечь его не создать затор и помех пешеходам, но и остановить транспортное средство не ближе 5 метров перед пешеходным переходом.