как осуществляется посадка на стыковочный рейс в случае опоздания первого самолета?

В этом случае это будет не Ваша проблема, а проблема авиакомпании. Несколько раз попадала в такую ситуацию. Первое, что нужно сделать, подойти к любой стойке. Там Вам объяснят, куда обратиться, а возможно, даже проводят. Вас отправят ближайшим возможным рейсом, не исключено, что с пересадкой. в последнем случае багаж придется получить и снова сдать. Но это редко. У меня было такое один раз. Если отправят без пересадки, багаж переложат на соответствующий рейс. Кроме тог, Вам обязаны дать ваучер на питание (10 евро, остальное за Ваш счет). Если не предложат, не стесняйте напомнить. Если Вы застряли на ночь, вам обязаны предоставить место в отеле (бесплатно).

если вы опаздываете предупредите компанию до вылета из махачкалы, чтобы они поменяли вам билеты, когда вы прилетите во внуково выбор рейсов скорее всего будет минимален и возможно вы в нем застрянете на сутки, сами шевелитесь а не ждите пока вам что то принесут на блюде

Ничего страшного. Или следующий подождет, или посадят на другой рейс. Случалось такое.

Во-первых: внимательнее проверьте авиакомпанию. Похоже, у вас Utair (U-Teir не существует).
Во вторых: в случае, если у вас один билет Махачкала - Внуково - Мюнхен (а не два разных), то авиакомпания в случае задержки рейса обеспечит доставку вас в Мюнхен без дополнительной оплаты. В лучшем случае, посадит на следующий рейс.

Фигню порите.
Есть принципиально 2е разные ситуации.
1.Вы купили единый билет Махачкала - Мюнхен ( стыковка входит в перелет ) - проблем, кроме лишнего ожидания не будет. Авиакомпания посадит на следующий рейс и довезет.
2. У вас два билета, даже одной авиакомпании. Махачкала-Москва Москва-Мюнхен. Скорей всего, второй сегмент придется покупать заново за свой счет. Т. к. авиакомпания не гарантирует время прилета по своим правилам.

Вас посадят на следующий рейс. В случае с UTair, следующий рейс возможно будет на следующий день. Готовы ждать?

Лучше купите билет Аэрофлота, и возьмите большую стыковку, часа на два-три, чтобы приключений на одно место не искать.