как получить транзитную литовскую визу, есть ли сложности?

Никаких сложностей.
Транзитная виза
Если у граждан имеется действительная виза или вид на жительство, выданный Кипром, вид на жительство, выданный Швейцарией или Лихтенштейном, то литовская транзитная виза не требуется. При этом пребывание на территории Литовской Республики не может превышать 5 дней за каждый въезд. Во всех остальных случаях необходимо оформлять транзитную визу заранее.

Для получения визы категорий А и В потребуются следующие документы:

загранпаспорт, срок действия которого составляет не менее 3 месяцев с момента окончания поездки;
анкета, заполненная на русском либо литовском языке и лично подписанная заявителем. Анкета заполняется "от руки" печатными буквами, имя и фамилию заявителя следует писать латинскими буквами так, как это указано в загранпаспорте. Также можно заполнить электронную анкету непосредственно на сайте посольства Литвы. Заполненные таким образом заявления обрабатываются быстрее, чем "бумажные", так как данные заявителя автоматически зашифровываются в уникальном бар-коде. После заполнения всех обязательных пунктов анкеты ее необходимо распечатать (пять страниц, включая страницу с уникальным кодом) и подписать. Анкета заполняется латинскими буквами;
одна цветная фотография размером 3,5х4,5 см, выполненная не ранее чем за три месяца до подачи заявления на визу. Фотографию необходимо приклеить к анкете;
медстраховка (оригинал и копия) , действительная на весь срок пребывания в странах Прибалтики и Шенгена. Сумма страхового покрытия должна составлять не менее 30 тысяч евро. Принимаются страховые полиса, заполненные на компьютере и выданные с использованием принтера (бланки, заполненные от руки, не рассматриваются) ;
оригинал внутреннего паспорта и копии всех заполненных страниц;
виза в страну следования, если таковая требуется и ее копия;
документы, подтверждающие необходимость следования транзитом через территорию Литвы (авиа- или железнодорожные билеты) .