одним словом"ВУЗ"ы, а почему всё же называются по разному?

В настоящее время высшие учебные заведения в Российской Федерации подразделяются на три типа:
Университет — многопрофильное учебное заведение с большим выбором учебных программ в самых разных областях знания.
Академия — готовит широкий круг специалистов какого-либо направления человеческой деятельности (сельское хозяйство, здравоохранение, искусство и т. п.) .
Институт — занимается подготовкой специалистов для работы в определённой области человеческой деятельности.
Научные исследования производятся в вузах всех типов, однако в университетах они, как правило, носят фундаментальный характер. РОССИЙСКАЯ ФЕДЕРАЦИЯ
ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ЗАКОН
О высшем и послевузовском профессиональном образовании
Принят Государственной Думой 19 июля 1996 года
Одобрен Советом Федерации 7 августа 1996 года

Статья 9. Виды и наименования высших учебных заведений

1. В Российской Федерации устанавливаются следующие виды
высших учебных заведений: университет, академия, институт.
2. Университет - высшее учебное заведение, которое:
реализует образовательные программы высшего и послевузовского
профессионального образования по широкому спектру направлений
подготовки (специальностей) ;
осуществляет подготовку, переподготовку и (или) повышение
квалификации работников высшей квалификации, научных и
научно-педагогических работников;
выполняет фундаментальные и прикладные научные исследования по
широкому спектру наук;
является ведущим научным и методическим центром в областях
своей деятельности.
3. Академия - высшее учебное заведение, которое:
реализует образовательные программы высшего и послевузовского
профессионального образования;
осуществляет подготовку, переподготовку и (или) повышение
квалификации работников высшей квалификации для определенной
области научной и научно-педагогической деятельности;
выполняет фундаментальные и прикладные научные исследования
преимущественно в одной из областей науки или культуры;
является ведущим научным и методическим центром в области
своей деятельности.
4. Институт - высшее учебное заведение, которое:
реализует образовательные программы высшего профессионального
образования, а также, как правило, образовательные программы
послевузовского профессионального образования;
осуществляет подготовку, переподготовку и (или) повышение
квалификации работников для определенной области профессиональной
деятельности;
ведет фундаментальные и (или) прикладные научные исследования.
5. Статус высшего учебного заведения определяется в
зависимости от его вида, организационно-правовой формы, наличия или
отсутствия государственной аккредитации. Статус высшего учебного
заведения включается в его наименование.
6. Наименование высшего учебного заведения устанавливается при
создании и изменяется в обязательном порядке при изменении его
статуса. В случае, если в наименовании высшего учебного заведения
употребляется специальное название (консерватория, высшее училище и
другие названия) , наряду с ним указывается вид высшего учебного
заведения.

специализауией и кругом подготоавливаемых специалистов

Да ничем, на самом деле ничем, полное несоответсввие, а точнее одинаково все.. Просто поделили мир на престижное уч завед и на среднее. , а раздницы никакой, кроме названия.

В зависимости от направления подготовки специалистов.

считается, что в университете образование лучше, за ним академия идет. это иерархия минобразования

В университете больше факультетов и специальностей. И уровень образования в университете более высокий.