Что значит "отсутствует транзитная зона" в аэропорту?

это значит что если челоек летит куда то через берлин то ему обязательно нужна транзитная виза если у него нет шенгенской, например я лечу с москвы в безвизовую кубу- но поскольку в берлине нет транзитной зоне мне надо получать эту немецкую транзитную визу со всеми вытекающими- справки, брони, доказательства того что меня и дома неплохо кормят, собеседование и прочее
в сша например нет транзитных зон в аэропортах, посему если лететь через штаты надо обязательно брать американскую транзитную визу
у вас есть шенгенская виза- у вас проблем не будет

Если вы летите из России в Испанию через Германию - то значит у вас есть шенгенская виза. Так что вас это предупреждение не касается. Виза у вас есть - не транзитная, обычная.
Это означает, что в аэропорту Тегель нельзя пересесть с рейса на рейс, минуя паспортный контроль.
Мы не знаем какой авиакомпанией вы летите - если одной и той же - то скорее всего, вы сможете в пункте отправления зарегистрироваться прямо до Испании и сдать багаж до Испании. А в Тегеле просто получить печать в паспорт и пройти на новый выход на посадку.
Если вас в пункте отправления зарегистрируют только до Тегеля - то надо будет в Тегеле пройти паспортный контроль, получить багаж, пройти регистрацию и сдать багаж (если он есть, конечно) .
По прилёту в Испанию уже никакого паспортного контроля не будет, вашу испанскую визу никто проверять не будет - её уже проверили в Германии.