Подскажите, пожалуйста, были ли проблемы при въезде на Украину?

читнула я кое что в инете... и насколько поняла после рождения ребенка нужно явиться в посольство вам и мужу с вашими украинскими паспортами и там вам должны вписать в паспорта ребенка и выдать свидетельство, что ваш ребенок является гражданином украины. вот с этими бумагами точно можно ехать. другой вопрос как же вы 3 года живете в россии? легально ли? или вас на граниице тормознут российские погранцы и сделают вас не въездными в россию... но то уже другая история.

Может, конечно, со времени рождения моего ребёнка что-то изменилось, но у нас в свидетельстве о рождении нет графы "гражданство ребёнка". Есть штамп на оборотной стороне. О каком прочерке Вы говорите?

В любом случае, Вам необходимо пойти в консульство Украины в РФ и получить для ребёнка документы украинского образца и вписать его в свои паспорта. Тогда уже можете ехать.

Насчёт "пропустят ли вообще" - гражданина не могут не впустить на территорию собственной страны, так что пропустят в любом случае. Однако, если на территории РФ Вы находились нелегально, то Вас могут ожидать штрафные и административные наказания, связанные с нарушением визового режима. И, скорее всего, повторно в РФ уже больше не впустят.
Если в РФ проживали легально, то вообще никаких проблем не будет: и выпустят, и впустят, и снова в гости будут рады позвать.

Для начала вам надо узаконить ребёнка. Иначе украинские погранцы запросто могут не впустить в страну лицо без гражданства. Как выше уже написали сделать это надо в консульстве.
Ну и если вы три года находились в России незаконно, то будьте готовы к штрафу и депортации без права последующего въезда в РФ.