Нужны советы бывалых)

Советы бывалых, как нельзя, банальны:
1) узнать стоимость тура Пхукет-Малайзия на ваши даты
2) узнать стоимость самостоятельных передвижений по Малайзии
3) узнать стоимость экскурсии из Пхукета
Посчитать разницу и выбрать то, что больше всего подходит. Иногда комбинированные туры могут быть дешевле у туроператора.

Мне кажется, что без слова ТУР будет дешевле. Т. е. если Вы все забронируете сами. Т. к. т/а могут предложить очень дорогой перелет Пхукет-Куала-Лумпур, а там летает хорошая и дешевая AirAsia и еще куча лоу костеров.
Если так совсем Вам не выгодно, то тур на Пхукет и самостоятельно билеты в КЛ, и считайте, как будет для Вас дешевле. Двухдневную экскурсию в КЛ тоже можете посмотреть.

Я бы прилетела в КЛ, потом на Пхукет, билетов полно и не дорого. На Пхукете заранее забронируйте отель, обратно самолетиком домой! Может тур и дешевле, но тогда придется КЛ посетить в серединке) отдыха на Пхукете! Получается не совсем экономно. Если посчитать все за и против, получается накладно и так и так! Кстати на КЛ вполне хватает три дня!

Я - за самостоятельные путешествия. И Таиланд, и Малайзия - безвизовые, так что: бронируйте, продумывайте маршрут, покупайте билеты...
Потом, если вы уже были на Пхукете, то, извините, возможно, за грубость, но на кой опять туда переться? Обратите внимание на другие страны того региона (климат, во всём том регионе - тропический муссонный или экваториальный, купаться можно круглый год): Камбоджа, Сингапур, в одной Малайзии можно отдохнуть... Это - по мне. Вы, конечно, сами решайте.

Если не решаетесь самостоятельно... Есть люди, которые боятся, именно потому что никогда не пробовали: узнайте то, другое, третье, посчитайте и примите решение.

Просто в Малайзию лучше прокатитесь. На Перхентианские острова расслабиться, а потом по Куалу-Лумпуру погулять. Меньше геморроя, перелётов. Да и вообще в Малайзии много разных интересных мест. Транспорт цивилизованный.