если снять 2 одинаковых простых клипа с 2 точек через разные фильтры\а может и без них\-как совместить кадры?

Если снимаете движущиеся обекты: нужно использовать две абсолютно одинаковые камеры, расположенные, примерно на одной горизонтальной оси, на расстоянии 12-15 см друг от друга. Причем, настройки сьемки должны быть одинаковые, то есть, одинаковое разрешение, число кадров в секунду и тд. Осуществлять, запуск обеих камер нужно одновременно, с максимальной точностью, иначе, потом намучаетесь с синхронизацией. Да и качественного результата не будет.
Фильтры накручивать, не обязательно. Существуют методы довольно качественного смешения, с использованием полноцветного видео.
Использовать дублированный вариант одного ракурса при создании анаглифа, категорически не рекомендую, так как в этом случае, Вы получите не настоящий стерео-эффект, а лишь его жалкое подобие. Вся фишка анаглифного смешения заключается в том, что бы, впоследствии, разделить два разных ракурса при просмотре.

Если у Вас есть очки, могу привести пример.
Приложу два разных скрина.

Зтот, сделан с обычного видео, в KMPlayer, с подключенным фильтром Anagliph:



А этот, с видео, которое я перегонял с НАСТОЯЩЕЙ стереопары:



Я думаю, разница очевидна....

Ни хрена не понял, однако, попробую догадаться.. .

Если видео снято с двух РАЗНЫХ точек на одну и туже камеру, то кадры уже не совместить.

Может, ты имеешь в виду синхронизацию видео при двухкамерной съёмке? Ну тогда используй какие-нибудь вспышки, громкие звуки, которые одновременно отображаются при записи на обеих камерах.

Или я не так понял вопрос?...