а почему VirtualDub не хачет обрабатывать mkv?

Вот не поленился, и спецом почитал про Дуб несколько обзоров (хотя лично мне это на фиг не нужно) .
Во всех говорится о том, что Дуб заточен под работу с АВИ, понимает МПЕГ 2 и МПЕГ 1, но МПЕГ 1 только понимает без возможности записи в нём. Идём далее: В ПРИНЦИПЕ (т. е. не факт) Дуб может принять другие форматы при установке дополнительных плугов и фильтов от сторонних производителей. Самое интересное, что именно подобных фильтров в проге, а не декодеров в системе.

Вот что нашёл в одном из обзоров:
— Поддерживает соединение видео со звуком из внешних файлов для .wav, .avi, .divx, .mpg, .mpeg, .mpv, .m1v, .dat, .mp3, .avs, .vdr, .w64 (но не работает с форматом .asf).
— При подключении соответствующих плагинов также поддерживает файлы форматов .3gp, .mp4, .mov, .wma, .wmv, .pvn, .flv, .fli, .flc.
Про дружбу с Матрёшкой (как с контейнером, а не форматом) вообще ни где ни чего не нашёл, хотя mp4 в списке поддерживаемых форматов присутствует. Видимо, тяжеловат этот контейнер для простенького Дуба.

Вывод:
1. Установить нужные фильтры в сам Дуб, либо попробовать для начала установить на комп что-то в стиле Main Concept MPEG Encoder свежей версии.
2. Извлеч из КОНТЕЙНЕРА MKV запись в формате МР4.
3. Крутануть MKV в АВИ, и только потом закидывать в Дуб.

Можно через AviSynth открыть в virtualdub любое видео кодеки для которого установлены в системе.