Склейка MKV

То, что видео ВОСПРОИЗВОДИТСЯ на компе ПЛЕЕРОМ, вовсе не значит, что есть кодеки в системе. Плееры содержат кодеки в себе, и не делятся ими с ОС-ью (с Виндой) .

MKVExtractGUI в помощь.
Извлекает видео/аудио из контейнера MKV (можно даже без перекодировки) . Потом скормишь извлечённое Пиннакле, и режь как хочешь.
Кстати. Если делать авторинг для двд-диска, то там разрешение будет максимум 720х576, так что если в "матрёшке" имеется HD-видео, то визуально даже после двух перекодировок не заметим потери качества.
Чтобы узнать что запехали в "матрёшку", воспользуйся утилиткой MediaInfo. Она подскажет с каким кодеком и битрейдом сжато видео и аудио.
И ещё: если всё-таки придётся что-то перекодировать, то используй двухпроходное кодирование, чтобы свести к минимуму возможные потери.

Может быть, вам подойдёт видеоредактор AVS Video Editor, он может работать с MKV.

Можно ещё воспользоваться утилитой tsMuxer, и перегнать (довольно быстро и без потери качества) в, например, m2ts, авось ваша Пиннакля это проглотит :) или, что наверное лучше, сделать в ней же demux - ваше киношка разложится на составные части:
видео, аудио.. .
Потом загрузите видео и аудио в Пиннаклю.

виндовс муви маркет

АдобЕ Прембер Про. Ест любые кодеки, весит мало. Кушает видосы при условии что есть вобще какие-то кодеки.. Соответственно если видео на компе воспроизводится, то и Премьер скушает... Проверял на Эппл Квик Тайм.