Как из пнг логотипа сделать модельку для печати на 3D принтере. Через какую программу?

...по идее - лучше в той, которая рекомендована для конкретного принтера и идёт обычно в комплекте.
нынче, по моему, из 3D MAX можно экспортировать.

В общем, модельку придется ДЕЛАТЬ, просто потому что PNG - растр, а 3D - вектор. Если не умеете пользоваться никаким 3D редактором, то заказать у специалиста за денюжку будет примерно на несколько месяцев быстрее чем учиться самому...

в том же 3D Max вытянуть в объем пользуясь модификаторами типа Extrude

Пнг - это плоскость. Как ты её хочешь напечатать? Нужно как минимум иметь представление, что ты именно хочешь сделать.
А потом всё это воплотить в 3D модели на основе своего плоского лого. 3d max, maya, cinema 4D - всё пойдёт. Но тут только одной экструзией не отделаешься, если там внктри еще и рисунок имеется. Раз есть 3D принтер, осваивай 3D редакторы.

—На какой ступеньке лестницы нужно отдыхать?!!
Ты не назвал формат, с которым работает принтер.
Возможно, и делать ничего не нужно, если он работает с картой глубины.
Возможно, в Максе достаточно дисплейса, возможно, создавать с ноля, используя картинку в качестве фона.
Если бы ты назвал форматы. принимаемые принтером, и свою картинку, то тебе можно было бы озвучить программу и порядок действий в ней.
А, на данный момент, лучшим ответом будет ответ Самолёта.
— Заплатить владельцу принтера за решение нужной задачи. Принтер и покупался для того, чтоб с его помощью зарабатывать деньги.