Можно ли взять After Effects как за основную программу для монтажа длинных роликов.

можно но гиморно..часть делаю в эффекте а потом общая сборка в премьере..и рендер там же

Чисто технологически: After Effects для СОЗДАНИЯ эффектов, которые потом в Premiere Pro монтируются. Если вам не нужно создавать эффекты, то не нужен After Effects.

...смотря что за контент. Если это у вас сплошная инфографика или подряд сцены со спецэффектами - анимированные маски, трекинг и т.п. под готовый саундтрек - тогда After Effects. Но если у вас видео состоит из нарезки съемок с переходами и редкими вкраплениями спецэффектов (заставки, титры) то лучше делать в Premiere со вставками AE через Dynamic Link. У AE с точки зрения монтажа такие недостатки: 1) AE не реалтайм программа в отличии от AP который под это заточен 2) В AE все очень грустно в плане работы со звуком, особенно с учетом п. 1 3) В AE нельзя применять переходы в классическом понимании т.е. путем их наложения на стык клипов.
...я бы на звук обратил особое внимание - если предстоит много работы с ним то это не AE однозначно. Иногда делают так - звук монтируют отдельно и потом импортируют в AE.

Можно ,в AE ограничение в три часа

Ну, при желании можно и ершик для унитаза использовать вместо зубной щетки, но вопрос в том, а надо ли?
АЕ не создан для монтажа, и даже если очень постараться и нарезать видеоряд в нем, то что вы будете делат со звуком? Так или иначе, все пути ведут в монтажку)

Можно, но запаришься, Adobe Premiere Pro создан для длинных роликов, скачай его лучше

Можно