
Морфология археоптерикса подтверждает филогенетические связи пресмыкающихся и птиц. На основе изучения археоптерикса разрабатывались представления о мозаичной эволюции. Большинство исследователей считает, что археоптерикс - прямой предок птиц, происшедший от тероподных динозавров или от древних бипедальных крокодилов, или от псевдозухий. Однако некоторые исследователи полагают, что археоптериксы - боковая ветвь пресмыкающихся, показывающая возможный путь развития от них к птицам. Предполагают, что археоптерикс не был способен к свободному полету, а мог только перепархивать с дерева на дерево, при передвижении на деревьях возможно использовал и пальцы крыла. Согласно другой точке зрения, археоптерикс вел главным образом наземный бегающий образ жизни, а при надобности мог перелетать на короткие дистанции.
Один из экземпляров археоптерикса (берлинский) был описан как особый род и вид - археорнис (Archaeornis siemensi), однако чаще принято относить все находки археоптерикса к одному виду.
Доктор Анжела Милнер (Angela Milner) из Лондонского музея естествознания (Natural History Museum) при помощи учёных из университета Техаса в Остине (University of Texas at Austin) провела анализ окаменевшего мозга археоптерикса, обнаружив неожиданные особенности его строения.
Первые окаменелости древнейшей птицы нашли ещё в 1861 году. Анализ останков показал, что она имела больше сходства с динозаврами, чем с птицами.
Например, это плотоядное животное имело зубы и когти на крыльях, благодаря которым оно могло хватать добычу.
Однако у этой птицы уже были развитые крылья и перья.
Спор, мог ли археоптерикс летать, продолжается до сих пор. И вот теперь Милнер представила весомое доказательство гипотезы о летающем археоптериксе.
Окаменевший мозг существа поместили в рентгеновскую установку, позволяющую получать тонкие "срезы" объекта. Эти срезы были объединены в компьютере в трёхмерную модель.
Оказалось, что по своей анатомии мозг археоптерикса гораздо ближе к мозгу современных летающих птиц, чем к мозгу динозавров, как предполагали палеонтологи раньше.
Это удивило даже саму исследовательницу, затеявшую анализ. Он показал, в частности, полукруглые каналы во внутреннем ухе, используемые для баланса, и увеличенные доли мозга, отвечающие за зрение — особенности, влияющие на эффективность полёта.
Милнер полагает, что "летающий" мозг развивался одновременно с крыльями, а сама способность летать, выработалась в процессе эволюции гораздо быстрее, чем учёные считали ранее.