Почему ученые считают, что древние земноводные произошли от древних кистеперых рыб?

потому что идиоты... чьи-то фантазии приняты за аксиому и называется это всё наукой...

Произошли.... угумммм

1) Скелеты ихтиостеги, гифиростеги, акантостеги, тулерпитона и прочих так называемых "рыб с ногами" (которых раньше относили к амфибиям из подкласса ихтиостегалий) по особенностям строения черепа вообще и отдельных черепных костей (а также их взаимного расположения), позвонков и рёбер не отличаются от ископаемых кистепёрых - репидистий; единствеенное отличие - наличие конечности наземного позвоночного/тетроподной конечности (а проще говоря - ноги или лапы) вместо плавников - собственно поэтому их и назвали "рыбами с ногами". 2) описаны генетические механизмы, за счёт которых плавник кистепёрых мог преобразоваться в тетраподную конечность и на основе этого были проведены корреляции между генетическими и палеонтологическими свидетельствами происхождения лап от плавников, а амфибий от кистепёрых - http://paleocircle.ru/index.php?option=com_content&view=article&id=603:2016-09-16-12-38-25&catid=94:1 . 3) Первые тетраподы, в том числе и "рыбы с ногами" обладали 8ю-7ю-6ю пальцами, поскольку конечности возникли ещё до их окончательного выхода на сушу и только после этого выхода часть пальцев редуцировалось и в качестве необходимой нормы у тетрапод сохранилось максимум 5 пальцев и рудимент 6го пальца (и иногда в ходе мутаций гены, отвечающие за его развития снова "включаются" и 6й палец опять выростает, в том числе и у людей).

А что они ещё могут предположить?
Если мыслить так примитивно, то вариантов больше нет и всё очевидно.

а что им сказать это лишь гипотиза...

Правильно мыслите сам Ч. Дарвин свой труд называл гипотезой а на вопрос журналистов "Где первое звено в эволюции человека?" ответил "Оно приковано к престолу Божьему".Нам везде нужна система иначе не можем а системы уневерсальной нет потому что мир живой Божий.

Это только догадки..
Которые только вредят.