Как сформировать крону уже неправильной формы трьохлетнего мандарина?

во-первых обращает на себя внимание не крона, а грунт - обязательно надо пересадить!! !
ну а ветки - обрезайте все, оставляя по 4 листа (в том числе, основной ствол) . И так каждые полгода, ветви, растущие вглубь кроны, надо будет удалять полностью, от основного ствола. Возможно, голая часть ствола постепенно обрастет
Кстати, так вытянулся из-за ужасного грунта и недостатка освещения - это надо подкорректировать

ему солнышко полезно

Перед очередной волной роста (цитрусовые растут периодами) обрезать основной ствол вполовину, если хотите кустик. Если хотите штамбовое деревце, просто прищипывайте уже имеющиеся ветки. Со временем стволик потолстеет и будет "шарик на ножке".

Выложи фото. посмотрим