Сделали ребёнку паспорт и вместо буквы ё написали букву е АРТЕМ Не будет ли проблем при оформлении визы в Германию

Буква Ё - "мертвая", потому в официальном документообороте не используется. Соответственно никаких проблем не будет.

в посольстве подаете копию русского паспорта а так только загранпаспорт для них важен))) . Вам правильно сказали, что нет отличия буквы Ё и Е

Не будет, не переживайте. Когда будете заполнять анкету на визу вы пишете там имя и фамилию на русском и латиницей, как в загранпаспорте. Поэтому точно не будет проблем.